 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (939)
- >考研 (93)
- >導(dǎo)師招生 (92)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (37)
- >考博 (22)
- >論文道賀祈福 (20)
- >教師之家 (19)
- >碩博家園 (16)
- >無(wú)機(jī)/物化 (15)
- >論文投稿 (14)
- >文獻(xiàn)求助 (11)
- >休閑灌水 (8)
- >公派出國(guó) (7)
- >基金申請(qǐng) (6)
- >找工作 (5)
- >留學(xué)生活 (4)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 3722 | 回復(fù): 14 | ||||
tanzouqing新蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
VMD中如何將兩個(gè)pdb文件合成一個(gè)新的pdb文件?
|
|||
|
VMD中如何將兩個(gè)pdb文件合成一個(gè)新的pdb文件? 例如: 若temp-1.pdb和temp-2.pdb,我想把這兩個(gè)文件合成temp.pdb文件,手動(dòng)和console命令流如何操作?謝謝 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 和畢設(shè)有關(guān)的 | 分子模擬強(qiáng)力資源 |
» 猜你喜歡
0703化學(xué)336分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
環(huán)境領(lǐng)域全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
26博士申請(qǐng)
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- gromacs，用pdb文件生成top文件時(shí)遇到的問(wèn)題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 如何從下載的PDB文件中提取酶的活性中心
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 如何制作簡(jiǎn)單的化學(xué)分子的pdb文件
已經(jīng)有11人回復(fù)
- pdb文件，top文件
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 如何將KDH文件轉(zhuǎn)換成PDF格式的文件
已經(jīng)有2人回復(fù)
- pdb文件的處理
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 加密文件如何打開(kāi)？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】PDB文件的數(shù)據(jù)怎么看？
已經(jīng)有9人回復(fù)
8樓2012-08-29 15:16:54
2樓2012-08-28 08:27:38
tanzouqing
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 333.4
- 散金: 1
- 帖子: 70
- 在線: 14.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 747434
- 注冊(cè): 2009-04-13
- 專業(yè): 固體力學(xué)
3樓2012-08-28 18:50:50
4樓2012-08-28 19:56:55
tanzouqing
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 333.4
- 散金: 1
- 帖子: 70
- 在線: 14.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 747434
- 注冊(cè): 2009-04-13
- 專業(yè): 固體力學(xué)
|
版主,您好,如何修改segname? 歸納下步驟: step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf set allsel [atomselect top all] $allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf step 2.修改 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname 這步不知如何修改?煩請(qǐng)幫忙 step 3.文件合并 package require psfgen;resetpsf readpsf temp-1.psf;coordpdb temp-1.pdb readpsf temp-2.psf;coordpdb temp-2.pdb writepsf temp.psf;writepdb temp.pd |
5樓2012-08-29 11:21:42
6樓2012-08-29 14:27:25
tanzouqing
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 333.4
- 散金: 1
- 帖子: 70
- 在線: 14.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 747434
- 注冊(cè): 2009-04-13
- 專業(yè): 固體力學(xué)
|
以上方法無(wú)法得到正確的psf文件!!! #代碼begin mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf set allsel [atomselect top all] $allsel moveby {0 0 10} $allsel set segname new $allsel writepdb temp-2.pdb ;$allsel writepsf temp-2.psf #代碼end 結(jié)果對(duì)比: temp-1.psf的部分內(nèi)容 1904 !NATOM 1 ADNA 1 ADE H5T HN5 0.430000 1.0080 0 2 ADNA 1 ADE O5' ON5 -0.660000 15.9994 0 3 ADNA 1 ADE C5' CN8 0.050000 12.0110 0 temp-2.psf的部分內(nèi)容,與前面不搭配. 477 !NATOM 1 new 2 DC O5' O5' 0.000000 15.9994 0 2 new 2 DC C5' C5' 0.000000 12.0107 0 3 new 2 DC C4' C4' 0.000000 12.0107 0 且后面的鍵長(zhǎng),鍵角,二面角都為0 . |
7樓2012-08-29 15:00:26
tanzouqing
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 333.4
- 散金: 1
- 帖子: 70
- 在線: 14.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 747434
- 注冊(cè): 2009-04-13
- 專業(yè): 固體力學(xué)
9樓2012-08-29 15:36:58
tanzouqing10樓2012-08-29 15:44:46
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 tanzouqing 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 本人考085602 化學(xué)工程 專碩 +16 | 不知道叫什么！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +6 | 世界首富 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[碩博家園] 深圳大學(xué)碩士招生（2026秋，傳感器方向，僅錄取第一志愿） +4 | xujiaoszu 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料專碩274一志愿陜西師范大學(xué)求調(diào)劑 +5 | 薛云鵬 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢(mèng)微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 26考研一志愿中國(guó)石油大學(xué)(華東)305分求調(diào)劑 +3 | 嘉年新程 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 080500，材料學(xué)碩302分求調(diào)劑學(xué)校 +4 | 初識(shí)可樂(lè) 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 255求調(diào)劑 +3 | 李嘉慧， 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +3 | 5201314Lsy！ 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +4 | 學(xué)員97LZgn 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +5 | 是Lupa啊 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過(guò)A區(qū)線 +6 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程調(diào)劑 +4 | 咪咪空空 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +8 | 困于星晨 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +3 | S.H1 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化工學(xué)碩306求調(diào)劑 +9 | 42838695 2026-03-12 | 9/450 |
|