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陳正啟鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
如何判斷ORF是不是完整的
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| 想根據(jù)轉(zhuǎn)錄組來(lái)做ORF全長(zhǎng)的克隆，但不是不確定怎么判斷ORF是不是完整的，請(qǐng)教各位！ |
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grape_vine
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【答案】應(yīng)助回帖
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陳正啟(gyesang代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖應(yīng)助！ 2013-05-21 08:21:58
gyesang: 回帖置頂 2013-05-21 08:22:01
陳正啟(gyesang代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖應(yīng)助！ 2013-05-21 08:21:58
gyesang: 回帖置頂 2013-05-21 08:22:01
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1 BLAST分析基本上可以確定你拿到的序列(CDNA序列,基因組的可能還要復(fù)雜一點(diǎn),下同)所包含的本基因家族的主體結(jié)構(gòu)域是不是都存在,這是第一個(gè)證據(jù). 2 BLAST同時(shí)可以提供這個(gè)基因家族核酸序列的長(zhǎng)度,如果都與你拿到的orf長(zhǎng)度也差不多,可以比較放心了. 3 3'端可以通過(guò)軟件分析ORF終止位點(diǎn)來(lái)確定,這個(gè)一般不會(huì)錯(cuò).不放心就做一個(gè)3'RACE,比較簡(jiǎn)單且低成本. 4 有時(shí)候你的序列分析顯示這個(gè)基因的全部保守結(jié)構(gòu)域都已經(jīng)在了,但是它有可能在5'段還有一段..ATG作為翻譯起始位點(diǎn),可以作為一個(gè)證據(jù),但是不保證前面就沒(méi)有其它的新的ATG了.你要仔細(xì)的分析,你的ATG起始位點(diǎn)之后的翻譯的蛋白和這個(gè)基因家族大體相同,而且在atg之前無(wú)論從哪個(gè)堿基開(kāi)始,都會(huì)提前找到終止密碼,且翻譯的蛋白短,不能很好的匹配這個(gè)基因家族,那就可以確定這個(gè)ATG是ORF起始的地方了.你的ORF的5'也就搞定了. 5 如果從你拿到的序列的第1,2 或者第三個(gè)堿基開(kāi)始都可以讀通,并且包含了你找到的ATG, 翻譯出來(lái)的序列也確實(shí)是這個(gè)家族的,那就有可能前面還有一個(gè)ATG.最保險(xiǎn)的是連5'RACE都做了. 5'RACE稍微費(fèi)點(diǎn)勁兒,但是結(jié)果要可靠些. |
9樓2013-05-14 10:20:14
ivysmile
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3樓2013-05-04 20:46:54
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7樓2013-05-13 20:19:01
陳正啟
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8樓2013-05-14 09:40:42
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