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[交流]
處理Illumina Methylation450k芯片大家都用什么方法\軟件
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處理過Illumina Methylation450k芯片的大俠交流下都是用什么方法或軟件呀？ 我最先接觸的是Genome Studio（GS）軟件，翻來覆去的看了好幾遍User Guide。（沒有人教 ，只能依樣畫葫了。。。）話說，軟件就是方便呀！數(shù)據(jù)到進去就等結(jié)果了。唯一有點糾結(jié)的是數(shù)據(jù)nomalization這塊，只提供了controls探針標準化，附帶可選subtract Background。在Illumina官網(wǎng)查了下說是若只有一張片子的化背景扣除做與不做都無所謂了。關(guān)于差異甲基化這塊，也就多了個檢驗方法的選擇和fdr校正了（一直沒發(fā)現(xiàn)fdr做與不做有什么差別  ）。用GS處理后很多問題，比如樣本、位點質(zhì)量控制（刪除一些空值或detect P較大位點等）很難實現(xiàn)，而且沒有看到幾篇文章僅依賴GS處理，一般也就用來讀個原始數(shù)據(jù)啥的。之后看到了一些R包專門用來處理該款芯片，嘗試了下IMA 包，它的接口數(shù)據(jù)是GS輸出的樣本甲基化值，數(shù)據(jù)處理包括了上面提到的一些問題，也提供了包括quantile normalization 、peak correction 等。提到peak correcttion，又讓我郁悶了，用于組數(shù)據(jù)實驗時做這項校正結(jié)果多了4000多個差異位點，讓原本就嫌位點多的我怎么辦。。。。 大家都用過啥R軟件，來交流下吧  |
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4樓2018-01-16 14:19:42
。不知道你說的前期工作是指哪方面的？就我理解，一般都是樣品送給生物公司做實驗，然后得到原始數(shù)據(jù)和通用分析結(jié)果。拿到這些數(shù)據(jù)可以直接后續(xù)分析，也可以從原始數(shù)據(jù)（idat）開始基于一些R包（如，minfi等）重頭開始分析。蠻多文章使用R包分析，具體看你數(shù)據(jù)情況吧。 5樓2018-06-05 09:31:55
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