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TD-PCR做出來(lái)?xiàng)l帶很多怎么辦,求高人指點(diǎn)
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本人新手,做微藻多樣性的,最近開始做PCR,跟著一篇文獻(xiàn)里的方法做。 文獻(xiàn)里用的是TD-PCR,程序是這樣說(shuō)的“10 cycles of 94° for 15s,60 to 51° for 30s,72°for 2min。Followed by 25 cycles of 94° 15s,55°for 30 to 54s and 72° for 2min and final extension of 72° 7min”,如果我沒(méi)理解錯(cuò)的話這句話的意思是前10個(gè)循環(huán)退火溫度從60逐漸降到51,每個(gè)循環(huán)降1°,后25個(gè)循環(huán)退火溫度為55°,但時(shí)間從30s逐漸增加到54s,每循環(huán)增加1s。 可是P出來(lái)的結(jié)果有很多條帶,目的片段為1070bp,而跑膠跑出來(lái)有2000bp左右的,有1000bp左右的,還有900多bp左右的,而且那個(gè)1000多bp的跑出來(lái)也不齊,想請(qǐng)教前輩們有沒(méi)有碰到過(guò)這種情況的,如何解決或者該往哪方面思考問(wèn)題出在哪里。 引物是按文獻(xiàn)合成的,Tm值分別為53.1和46,PCR體系也是按文獻(xiàn)來(lái)的,用的酶也是同一公司的。 ![]() ![]() ![]() ![]() |
木蟲 (正式寫手)
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看上去是非特異的了(如果樓主用的模板和文獻(xiàn)里一樣的話), 引物特異性怎樣? 可以加長(zhǎng)么? 46C的那條Tm感覺(jué)低了. 如果必須用文獻(xiàn)里的引物的話建議把溫度升高吧. 另外72C 2min減少到40s, 這個(gè)時(shí)間搞定1k的產(chǎn)物綽綽有余. |
金蟲 (小有名氣)
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引物是跟文獻(xiàn)里一樣的,特異性沒(méi)有驗(yàn)證過(guò),不過(guò)出來(lái)文章了應(yīng)該不至于差吧。 另外,弱弱的問(wèn)一下既然作者設(shè)置了這個(gè)溫度應(yīng)該也是經(jīng)過(guò)摸索后的最佳溫度,如果擅自提高溫度即使是得到了條帶就一定是目的條帶嗎?還有延長(zhǎng)速度一般大概是1kb/1min,通常這個(gè)時(shí)間的設(shè)置都會(huì)有點(diǎn)富余,而且通過(guò)延長(zhǎng)時(shí)間來(lái)強(qiáng)制限制片段大小結(jié)果可信嗎? |
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金蟲 (小有名氣)
至尊木蟲 (文學(xué)泰斗)
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