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iamvivien新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
western結(jié)果跟考馬斯蘭,質(zhì)譜結(jié)果不符合!
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化學(xué)背景的生物新人跪求大家指點(diǎn)!!是這樣的,合成的drug固定到dynabeads上面后,跟空白組blank beads對(duì)照跑膠,然后找出特異蛋白帶,跑了質(zhì)譜,發(fā)現(xiàn)一個(gè)已知應(yīng)該結(jié)合的蛋白,特異性結(jié)合到我的probe上面,這個(gè)實(shí)驗(yàn)重復(fù)做了多遍,一直特異性很好,沒(méi)有在空白beads上面發(fā)現(xiàn)。然后訂了此蛋白的一抗,然后又重復(fù)實(shí)驗(yàn),western結(jié)果讓我真的哭了出來(lái)。。?瞻捉M跟實(shí)驗(yàn)組都有一個(gè)很明顯的band! 考馬斯蘭染色的時(shí)候也是發(fā)現(xiàn)空白組有非特異結(jié)合,但是明顯實(shí)驗(yàn)組band更intensive! 然后查了很多資料,說(shuō)western的一抗敏感度強(qiáng),可以檢測(cè)pg的蛋白,但是質(zhì)譜要至少ng的蛋白量才能檢測(cè)到,是不是有這種可能,我的蛋白結(jié)合空白組但是不如我的實(shí)驗(yàn)組強(qiáng),并且空白組的結(jié)合蛋白量不能夠被質(zhì)譜檢測(cè)出來(lái)(小于ng),而western實(shí)驗(yàn)太敏感,這樣空白組跟實(shí)驗(yàn)組的蛋白都檢測(cè)出來(lái)了?我用的一抗可能濃度也太高,用了1:100,第一次做防止檢測(cè)不出來(lái)。。。但是一抗的特異性不錯(cuò),就一條蛋白band。但是非常非常強(qiáng)的信號(hào)。。還有我的上樣量如果很大程度的稀釋?zhuān)梢詼p少非特異結(jié)合么?現(xiàn)在疑問(wèn)就是還有沒(méi)有希望試一下稀釋一抗,稀釋上樣量,然后能至少看出量的區(qū)別呢?我覺(jué)得pg就可以檢測(cè)出來(lái)的話,western很難能分出blank跟實(shí)驗(yàn)組的區(qū)別吧?有點(diǎn)崩潰,特別崩潰!希望大家指點(diǎn)。。。。! |
專(zhuān)家顧問(wèn) (知名作家)
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專(zhuān)家經(jīng)驗(yàn): +218 |
| 你在抗體孵育的牛奶或者BSA用量和時(shí)間是否足夠,個(gè)不清洗過(guò)程是不是足夠。因?yàn)榭贵w-抗原相互作用的接觸面積一般是1500-1700平方埃,而一個(gè)氨基酸殘基的表面積是100-200平方埃,所以如果另個(gè)抗原的免疫決定簇正好有6-8個(gè)氨基酸殘基序列相同,存在交叉反應(yīng)的可能是存在的。所以,你可以適當(dāng)稀釋二抗的濃度先試試,不行在稀釋一抗和樣品濃度。 |
新蟲(chóng) (初入文壇)
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感謝回復(fù)!我二抗是1:10000的濃度。BSA用的是3% in TTBS, block了過(guò)夜,在四度。一抗是3小時(shí),室溫,1:100 in 3% BSA, 然后rinse了兩遍后,再用TTBS洗了三遍,每次10分鐘,然后加的二抗,一小時(shí)室溫,1:10000 in TTBS, 最后洗的時(shí)候也是先rinse,再三遍的十分鐘。買(mǎi)的一抗上面說(shuō)是N端的2-33個(gè)氨基酸。有另外一個(gè)蛋白我在空白組的質(zhì)譜上面發(fā)現(xiàn)過(guò),可能不是特異蛋白,是同一個(gè)family的,序列重合度跟我的目標(biāo)蛋白很高。。。。就是有可能識(shí)別的是另外這個(gè)蛋白?但是這樣的話至少應(yīng)該看到兩條蛋白帶吧?不過(guò)這兩個(gè)蛋白一上一下,大小很接近?赡芪业牡鞍讕珴,很粗,完全分不清楚也有可能。。。 二抗您覺(jué)得應(yīng)該稀釋到多少呢? |
專(zhuān)家顧問(wèn) (知名作家)
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專(zhuān)家經(jīng)驗(yàn): +218 |
| 我見(jiàn)到實(shí)驗(yàn)手冊(cè),一抗和二抗都可以稀釋到1:100-1:15000 |
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