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wenwen4599金蟲 (正式寫手)
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[求助]
請做系統(tǒng)進(jìn)化或系統(tǒng)地理的筒子們進(jìn)來看一下，幫幫忙。
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最近在分析數(shù)據(jù)的時候發(fā)現(xiàn)一個奇怪的問題。想請大家?guī)兔μ峁┮恍﹨⒖嫉囊庖姟?br />
我是做系統(tǒng)地理的，在研究過程中擴(kuò)了兩個近緣種的兩個線粒體基因（16S和CO1）和兩個核基因（PEPCK和H3）。 做系統(tǒng)發(fā)生分析的時候發(fā)現(xiàn)一個物種其中一個遺傳分支（分布區(qū)很廣）的CO1基因全部只有一個單元型（有差不多三五十個個體，多個種群的）。而較CO1基因更為保守的16S雖然單元型不多，但是也有5個單元型，甚至H3基因都有兩個單元型。但是這種情況只發(fā)生在這個遺傳分支中。該物種的另一個遺傳分支單元型非常豐富。另外一個物種的單元型雖然并不多，但也很正常，單元型上來看CO1基因多于16S，線粒體基因多于核基因。 老板提出是不是在擴(kuò)增的過程中污染了，我覺得這個可能性很小。雖然不是每次都做了空白對照，但是多數(shù)情況下還是有空白對照的。另外一批模板同時也擴(kuò)增的16S中的不同個體間是有序列變異的。如果是引物的問題，另一個物種和另一個支系的單元型卻明顯有差異。 請大家不吝賜教，如果有一些理論可以解釋這個現(xiàn)象，最好把參考文獻(xiàn)列一下，謝謝大家！ |
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wenwen4599
金蟲 (正式寫手)
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2樓2013-05-15 20:04:43
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3樓2013-05-18 22:21:28
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