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fzfangtao木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Blast沒結(jié)果，但想明白擬南芥該基因在其它物種的可能序列
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| 如題。具體而言情況如下：目前已知擬南芥中某基因的具體序列與功能(GenBank可查)，但是我想明白該基因在其它植物物種中的具體可能序列，應(yīng)該使用何種軟件（在NCBI中Blast該物種沒有結(jié)果）？若是進(jìn)行基因克隆進(jìn)行序列確定的話，大致步驟如何？ |
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bullfrog325
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fzfangtao: 金幣+1, ★★★很有幫助, 恩，我好像找到了，根據(jù)你所說的第三條，現(xiàn)在正在繼續(xù)往下分析呵 2013-05-19 16:22:39
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fzfangtao: 金幣+1, ★★★很有幫助, 恩，我好像找到了，根據(jù)你所說的第三條，現(xiàn)在正在繼續(xù)往下分析呵 2013-05-19 16:22:39
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還是用NCBI的BLAST: 1, 在organism的選項(xiàng)里填arabidopsis (thaliana), "thaliana"填不填看你的實(shí)際情況. 然后勾上"exclude" 2 同樣的地方填plant, 然后在下拉菜單中根據(jù)你的需要選一個(gè)最恰當(dāng)?shù)?br /> 3 如果沒有比對結(jié)果, 再把比對參數(shù)改成"Somewhat similar sequences" |
2樓2013-05-15 16:31:22
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