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[求助]
測(cè)序結(jié)果分析，以及RACE引物設(shè)計(jì)。求助呢
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我的是用簡(jiǎn)并引物擴(kuò)增的未知基因的高度保守區(qū)�，F(xiàn)在已經(jīng)拿到測(cè)序結(jié)果。我首先找到了上下游引物的位置，然后把質(zhì)粒DNA截掉。拿高度保守區(qū)BLAST結(jié)果出現(xiàn)各種不同物種的的該基因，其中與模式生物的該基因100%相似。abi圖譜看起來也比較靠譜。我還要做什么呢？是不是可以直接用該基因設(shè)計(jì)引物準(zhǔn)備做RACE擴(kuò)增全長(zhǎng)了？請(qǐng)?jiān)O(shè)計(jì)過RACE3‘和5’端特異性引物幫忙指點(diǎn)一下。 另外我想說，我是一個(gè)小白，之前沒什么實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。到現(xiàn)在拿到了保守區(qū)。從零基礎(chǔ)一路以來，老師也沒時(shí)間指導(dǎo)，都是靠自己在論壇里面提問。感謝那些幫助我的朋友。讓我的實(shí)驗(yàn)如此的順利�；舅袑�(shí)驗(yàn)都一次性成功。一切盡在掌握中。謝謝。 |
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3樓2012-09-26 08:37:09
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2樓2012-09-25 15:52:37
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你要做的就是首先將質(zhì)粒DNA截掉。找PMD 或者PUC圖譜�？梢钥吹�。然后找出上下游引物的位置。將上下游引物之間的序列弄出來拿去BLAST，BLAST的時(shí)候注意選擇你的物種和一些參數(shù)的設(shè)置，如果你的克隆是正確的，結(jié)果里面應(yīng)該是各種不同物種的該基因，假如說的是植物的，下面擬南芥肯定有。哺乳動(dòng)物的，下面鼠類肯定有吧。并且E值比較低�？壳�。因?yàn)槟惝?dāng)初是通過保守區(qū)設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)并引物。所以序列出來的應(yīng)該是高度保守區(qū)，所有物種中該片段應(yīng)該是很相似的。我也是自學(xué)的，就懂這么多了。我的保守區(qū)1000多BP，結(jié)果還不錯(cuò)。 |
4樓2012-09-26 09:14:24
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