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[求助]
測(cè)序結(jié)果分析,以及RACE引物設(shè)計(jì)。求助呢
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我的是用簡(jiǎn)并引物擴(kuò)增的未知基因的高度保守區(qū)。現(xiàn)在已經(jīng)拿到測(cè)序結(jié)果。我首先找到了上下游引物的位置,然后把質(zhì)粒DNA截掉。拿高度保守區(qū)BLAST結(jié)果出現(xiàn)各種不同物種的的該基因,其中與模式生物的該基因100%相似。abi圖譜看起來(lái)也比較靠譜。我還要做什么呢?是不是可以直接用該基因設(shè)計(jì)引物準(zhǔn)備做RACE擴(kuò)增全長(zhǎng)了?請(qǐng)?jiān)O(shè)計(jì)過(guò)RACE3‘和5’端特異性引物幫忙指點(diǎn)一下。 另外我想說(shuō),我是一個(gè)小白,之前沒(méi)什么實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。到現(xiàn)在拿到了保守區(qū)。從零基礎(chǔ)一路以來(lái),老師也沒(méi)時(shí)間指導(dǎo),都是靠自己在論壇里面提問(wèn)。感謝那些幫助我的朋友。讓我的實(shí)驗(yàn)如此的順利;舅袑(shí)驗(yàn)都一次性成功。一切盡在掌握中。謝謝。 |
金蟲(chóng) (初入文壇)
新蟲(chóng) (初入文壇)
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你要做的就是首先將質(zhì)粒DNA截掉。找PMD 或者PUC圖譜?梢钥吹。然后找出上下游引物的位置。將上下游引物之間的序列弄出來(lái)拿去BLAST,BLAST的時(shí)候注意選擇你的物種和一些參數(shù)的設(shè)置,如果你的克隆是正確的,結(jié)果里面應(yīng)該是各種不同物種的該基因,假如說(shuō)的是植物的,下面擬南芥肯定有。哺乳動(dòng)物的,下面鼠類肯定有吧。并且E值比較低。靠前。因?yàn)槟惝?dāng)初是通過(guò)保守區(qū)設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)并引物。所以序列出來(lái)的應(yīng)該是高度保守區(qū),所有物種中該片段應(yīng)該是很相似的。我也是自學(xué)的,就懂這么多了。我的保守區(qū)1000多BP,結(jié)果還不錯(cuò)。 |
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