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星期五13木蟲 (正式寫手)
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16sRNA系統(tǒng)發(fā)育樹與生化試驗(yàn)結(jié)果不一致，該如何處理？
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我在環(huán)境中篩選一株細(xì)菌，做16sRNA測序，分析是假單胞菌屬，然后做了Vitek自動(dòng)鑒定，結(jié)果是惡臭假單胞菌。我選擇了20種假單胞菌屬中的標(biāo)準(zhǔn)菌種，用mega做系統(tǒng)發(fā)育樹，可是無論怎么做我篩選的菌種都不和惡臭假單胞菌在一起。這種情況怎么辦？ 進(jìn)化樹.jpg |
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Vitek、Biolog都不行，雖然有幾十個(gè)生化反應(yīng)，但都不是傳統(tǒng)的生化反應(yīng)。 API是傳統(tǒng)的生化反應(yīng)，但API同樣不能鑒定數(shù)據(jù)庫之外的種。 像你這種情況，采用16S測序，鑒定到到屬就可以了。 你這個(gè)進(jìn)化樹，初步表明是假單胞菌最接近斯氏假單胞菌的種，就算完成鑒定了。 如果有進(jìn)一步的興趣，請(qǐng)打下這個(gè)網(wǎng)站：http://www.bacterio.cict.fr/ 在假單胞菌屬，把全部的模式序列下載了，構(gòu)建進(jìn)化樹，或者會(huì)有100%相似的。 |
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星期五139樓2013-05-20 22:29:59
2樓2013-05-18 08:45:38
星期五13
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3樓2013-05-18 12:54:55
4樓2013-05-18 15:29:05
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5樓2013-05-18 21:36:53
springwater
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8樓2013-05-20 14:29:48
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10樓2013-05-22 15:48:02
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