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SNP和genotype之間到底是什么關(guān)系
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二代測序中單核苷酸多態(tài)性和所謂的基因分型之間到底是什么意思？？？？？ 比如某個位點的參考序列是堿基C，然后測了10次，其中7次被測依然是C，有3次是T。 那么不考慮假陽性的情況下，這個位點就是SNP，發(fā)生了C/T突變，那么這個位點的基因型是什么意思？？？ 他的基因型就是雜合C/T嗎？？？ 如果十次都是C，那么基因型就是純合C/C??? 我這樣的理解對嗎？？？？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+2, 鼓勵交流 2013-06-07 11:35:55
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kx444555: 金幣+2, 鼓勵交流 2013-06-07 11:35:55
| snp（single nucleotide polymorphism），又叫單堿基多太性，也就是基因組上單個堿基的突變。而genotype，叫基因分型，是通過基因組的方法來確定一個東西最終屬于哪一個類哪一型，現(xiàn)在的genotype有很多種，用的比較多的有16sRNA,MLST,MLVA,還有就是SNP,SNP比較適合進化上非常相似的兩個株，可以通過這種單個堿基的變化來決定不同型別。你只有測序６次以上都變?yōu)镃了，就說明這一點可以確定為突變?yōu)镃了，那就得找出整個基因組，或者你測的這個基因上所有的SNP,然后進行分型。 |
2樓2013-05-20 13:10:32
北京未名
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3樓2013-05-31 14:57:17
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
kx444555: 金幣+2, 很熱心 2013-06-07 11:36:19
kx444555: 金幣+2, 很熱心 2013-06-07 11:36:19
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Nature有篇綜述講了這個問題。 SNP是單堿基多態(tài)性，準確來說是針對群體的，比如在某染色體某一位點上，某一群人出現(xiàn)了A、T，而另一群人出現(xiàn)了A、C、G，這樣這兩群人的SNP便是不相同的。 而Genotype（基因型）是針對個體來說的。 Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data Nature Reviews Genetics 12, 443-451 (June 2011) | doi:10.1038/nrg2986 文章鏈接：http://www.nature.com/nrg/journal/v12/n6/full/nrg2986.html 如果下載不了，向我要全文。 |
4樓2013-06-07 11:03:01
5樓2013-06-07 11:11:04
6樓2013-06-07 12:36:42
★
kx444555: 金幣+1, 鼓勵交流 2013-06-08 12:09:21
kx444555: 金幣+1, 鼓勵交流 2013-06-08 12:09:21
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“SNP只是找出跟參考基因不一樣的位點，但是基因分型是針對個體自己的序列進行分型�！� 按照我的理解，如果是我，我會這么說： SNP是指某一群體中，在該位點上出現(xiàn)了兩個或以上的堿基型（準確說來和參考序列無關(guān)，參考序列只是技術(shù)手段中不得不引入的信息）； 基因型就是指某一個體上該位點的堿基型（其實根據(jù)維基百科，基因型的含義更為廣泛，但在這里我們就只討論單堿基突變吧），二倍體或多倍體會有兩種情況：純合、雜合，每種情況又可以根據(jù)堿基型分出更具體的類別。當研究對象只有一個個體的時候，SNP和基因型所表達的意思基本沒有區(qū)別。 希望有更清楚這些概念的蟲友指正~ |
7樓2013-06-07 12:53:24
8樓2013-06-07 13:00:09
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