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SNP和genotype之間到底是什么關(guān)系
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二代測(cè)序中單核苷酸多態(tài)性和所謂的基因分型之間到底是什么意思？？？？？ 比如某個(gè)位點(diǎn)的參考序列是堿基C，然后測(cè)了10次，其中7次被測(cè)依然是C，有3次是T。 那么不考慮假陽性的情況下，這個(gè)位點(diǎn)就是SNP，發(fā)生了C/T突變，那么這個(gè)位點(diǎn)的基因型是什么意思？？？ 他的基因型就是雜合C/T嗎？？？ 如果十次都是C，那么基因型就是純合C/C??? 我這樣的理解對(duì)嗎？？？？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2013-06-07 11:35:55
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kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2013-06-07 11:35:55
| snp（single nucleotide polymorphism），又叫單堿基多太性，也就是基因組上單個(gè)堿基的突變。而genotype，叫基因分型，是通過基因組的方法來確定一個(gè)東西最終屬于哪一個(gè)類哪一型，現(xiàn)在的genotype有很多種，用的比較多的有16sRNA,MLST,MLVA,還有就是SNP,SNP比較適合進(jìn)化上非常相似的兩個(gè)株，可以通過這種單個(gè)堿基的變化來決定不同型別。你只有測(cè)序６次以上都變?yōu)镃了，就說明這一點(diǎn)可以確定為突變?yōu)镃了，那就得找出整個(gè)基因組，或者你測(cè)的這個(gè)基因上所有的SNP,然后進(jìn)行分型。 |
2樓2013-05-20 13:10:32
北京未名
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3樓2013-05-31 14:57:17
【答案】應(yīng)助回帖
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kx444555: 金幣+2, 很熱心 2013-06-07 11:36:19
kx444555: 金幣+2, 很熱心 2013-06-07 11:36:19
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Nature有篇綜述講了這個(gè)問題。 SNP是單堿基多態(tài)性，準(zhǔn)確來說是針對(duì)群體的，比如在某染色體某一位點(diǎn)上，某一群人出現(xiàn)了A、T，而另一群人出現(xiàn)了A、C、G，這樣這兩群人的SNP便是不相同的。 而Genotype（基因型）是針對(duì)個(gè)體來說的。 Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data Nature Reviews Genetics 12, 443-451 (June 2011) | doi:10.1038/nrg2986 文章鏈接：http://www.nature.com/nrg/journal/v12/n6/full/nrg2986.html 如果下載不了，向我要全文。 |
4樓2013-06-07 11:03:01
5樓2013-06-07 11:11:04
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這篇文章我看過了，感覺還是不清楚 具體點(diǎn)：假設(shè)ref是A，但是個(gè)體測(cè)得有10個(gè)A和10個(gè)C，那么這個(gè)位點(diǎn)就是一個(gè)SNP位點(diǎn)，為A/C型突變，以二倍體為例，基因型就是雜合AC。 如果個(gè)體測(cè)得10個(gè)G和10個(gè)C，那么這個(gè)位點(diǎn)SNP類型就是A/G，C型突變，他的基因型是雜合GC。 如何個(gè)體測(cè)得20個(gè)C，那么SNP依舊是A/C型，但是基因型是純合CC。 不知以上我這樣理解對(duì)不對(duì)，SNP只是找出跟參考基因不一樣的位點(diǎn)，但是基因分型是針對(duì)個(gè)體自己的序列進(jìn)行分型。 請(qǐng)多指教 |
6樓2013-06-07 12:36:42
★
kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2013-06-08 12:09:21
kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2013-06-08 12:09:21
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“SNP只是找出跟參考基因不一樣的位點(diǎn)，但是基因分型是針對(duì)個(gè)體自己的序列進(jìn)行分型�！� 按照我的理解，如果是我，我會(huì)這么說： SNP是指某一群體中，在該位點(diǎn)上出現(xiàn)了兩個(gè)或以上的堿基型（準(zhǔn)確說來和參考序列無關(guān)，參考序列只是技術(shù)手段中不得不引入的信息）； 基因型就是指某一個(gè)體上該位點(diǎn)的堿基型（其實(shí)根據(jù)維基百科，基因型的含義更為廣泛，但在這里我們就只討論單堿基突變吧），二倍體或多倍體會(huì)有兩種情況：純合、雜合，每種情況又可以根據(jù)堿基型分出更具體的類別。當(dāng)研究對(duì)象只有一個(gè)個(gè)體的時(shí)候，SNP和基因型所表達(dá)的意思基本沒有區(qū)別。 希望有更清楚這些概念的蟲友指正~ |
7樓2013-06-07 12:53:24
8樓2013-06-07 13:00:09
9樓2013-06-08 11:09:05
10樓2015-11-13 17:26:07
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