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lf6220至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
如何回復(fù)Genbank序列里含有終止密碼子和讀碼框移位 已有1人參與
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最近在Genbank上傳可以表達(dá)蛋白的基因序列獲取登錄號時，Genbank回信說，序列里含有終止密碼子和讀碼框移位，讓給出解釋。我的序列是： ATGGATTCAGTCAATATCGAGACCCCCGCAGCCACTCAGGCCGAAGCGCTCGCAGCATTCGATCAGCAGGCAGCAGGGCA GTACTTGCGCGGTCAGTGGATTGCGGAGGAGCACCTGATGCGGGCCATTGGCGGGCCTCGCCCCGCAGGCATCCCTTACC GGTGGGCATGGGACGATGTCGAGAAGGCCCTCGCTGAGGCGACCATTGCACTCGGGCCCGTCGACACGGCGAGGCGGCAC CTCACCTTCGTCAACCCTGGTCTCCTCGATCGCGGAAGCGCCACCACGCACACCATCTCTGCCGGCTTCCAGCTCGTGAA GCCGGGCGAAGTATGCTGGTCGCATCGACACACCATGGGCGCTGTGCGATTCATCACGAAGGGAGATCCGGAGGCTTTCA CGACCGTCGACGGCGAGCGTCTGCCCATGGAAGATTTCGATCTTCTGATCACCCCGCGATTCTCGTGGCACGACCACCAC AACCCGAGCGACTCCGACGTTGTCTGGCTCGACGGCCTCGACATAGGCCTTCTCTTCGCCCTCGGTGCAGTCTACTACGA GCCCTACGGCGACGACAGCCAGAACGTGCGCCCTTCGAGCAGCGAAGGCATCGGAACCCGCAGCCACTGGCTGCGTCCAA CGTGGGAACGCGGTCGCGAGAGCAGACTGCCCGTGCGCTATCCCTGGAGCGAAGTCAAAGCGCGCCTCAATCTCTACGAC CTCGACGCGGGCAACCCTTACGACGGGCTGGCGCTGCGATACGCCAATCCGGTGACTGGTGGCCCGACGATGGCCACCAT GGACTGCTGGGTGCAACGCCTCGCCCCAGGGTTCGATGGCAAGGCCCACCGCCGTTCATCCAGCGCGGTCACTTACGTTA TCTCTGGCTCCGGCTCGTTCGTCACCGATGACGAGACGATCAGCTTCGTGCCCGGCGACGTCATCGCGCTTCCGAACTGG ACTAACTTTCGATGGGTGAATGCCTCCCCGACTGAGTCGGTACAGCTCTTCTCGATGCACGACATTCCTGCACTGCAGGC TTTTGGCCTGCTCTACGAAGAACCGGAATCGATTCTCAACGCGACACCCGCGCCCGTGAACCCTACTCCGCCACTCAAGC CAATCTACCGGGCTGGCGCCTTCTACGATCAGGATGAACTATGA 利用ORFfinder分析后這是其中的一個最大的開放閱讀框，經(jīng)blastX分析，有超過十幾個相似度高達(dá)99%的蛋白氨基酸序列存在，說明是可以表達(dá)蛋白的，但是其中也有幾個讀碼框移位（含終止密碼子）。我也對照了Genbank里的登錄號為YP_004243241.1的1-羥基-2-萘甲酸雙加氧酶的序列，也發(fā)現(xiàn)它的里面也含有讀碼框移位（含終止密碼子）。 現(xiàn)在不知道如何回答Genbank的疑問？genbank的原話為：We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLASTsimilarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: - errors in the nucleotide sequence - sequences have not been trimmed of low quality - problems with feature annotation which may be due to:translation in the wrong reading frame or on the wrong strandtranslation does not have the correct exon spanstranslation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's 請有經(jīng)驗的大俠給解答一下，謝謝！ |
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7樓2016-01-18 11:21:12
xiuwei001
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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2樓2013-11-11 20:57:12
silvertank
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3樓2013-12-28 09:45:31
4樓2014-02-08 18:01:52
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