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如何》在全基因組中搜索 轉(zhuǎn)錄因子的binding site ？
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我想在C.acetobutylicumATCC824全基因組中搜索含有某個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合序列的基因或序列，事先在其他物種中查找到了這個轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合序列或大致模式。 （1）日本有個網(wǎng)站TRANSFAC不行的，但是我要找的是原核生物的； （2）Prodoric的virtual foot軟件也不行：1文獻報道的B.subtilis中一個已經(jīng)熟知的轉(zhuǎn)錄因子的19bp結(jié)合序列輸入進去竟然說找不到，直到允許4mismatch才給出好多無關(guān)的結(jié)果；2我把事先用virtual foot已經(jīng)查好的某個轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點序列再重新輸入進去查找，0 mismatch,1 mismatch 它又找不到了。什么破玩意！ （3）NCBI中可以直接搜索含有某個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合序列的所有基因嗎？還可以選擇1-mismatch,2 mismatch等進行匹配？看到好多文獻里面講在某某全基因組中搜索什么什么轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合序列，也沒指明軟件。 |
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西瓜
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
看天: 金幣+10, ★★★很有幫助, 很好的思路！如果實在找不到我就只能如此，就是麻煩點了。 2013-05-23 16:57:52
myprayer: 金幣+5, MolEPI+1, 木蟲現(xiàn)在缺少的就是西瓜這樣給力切實的應(yīng)助帖子。 2013-05-30 10:38:55
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如果你可以把基因組序列下載回來，可以用Vector NTI的motif分析來做。 貌似沒有mismatch的選項，不過可以設(shè)置相似度，相似度越低得到的結(jié)果越多。 也可以把你的結(jié)合序列添加成一個“內(nèi)切酶”，用酶切位點分析來做。 軟件的使用很簡單，論壇也有許多教程，就不贅述了。 把序列填進去的時候可以參照下面的簡并堿基表： Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985): Symbol Meaning G G A A T T or U C C U U or T R G or A Y T, U or C M A or C K G, T or U S G or C W A, T or U H A, C, T or U B G, T, U or C V G, C or A D G, A, T or U N G, A, T, U or C |
2樓2013-05-23 16:43:56
3樓2013-05-23 17:02:47
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（1）A genome-wide search using the genome sequence of S. aureus COL revealed the presence of 461 motifs up to 400 bp upstream of predicted genes: 16 motifs without a mismatch, 25 motifs with one mismatch, and 420 motifs with two mismatches (data not shown).To 。。。。 （2）It is also worth noting that when using the consensus sequence to do a whole genome search allowing two or three mismatches, many more putative Rex-binding sites could be identified in intergenic regions and upstream of genes that 。。。 好多文獻都是這樣講的，軟件都沒提到？！ |
4樓2013-05-23 17:14:21
西瓜
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。我老板最近也要我干這事，不知道有沒有更好的辦法。 5樓2013-05-23 17:18:52
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