 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2449 | 回復: 4 | |||
| 本帖產(chǎn)生 1 個 MolEPI ，點擊這里進行查看 | |||
[求助]
如何》在全基因組中搜索 轉錄因子的binding site ？
|
|||
|
我想在C.acetobutylicumATCC824全基因組中搜索含有某個轉錄因子結合序列的基因或序列，事先在其他物種中查找到了這個轉錄因子的結合序列或大致模式。 （1）日本有個網(wǎng)站TRANSFAC不行的，但是我要找的是原核生物的； （2）Prodoric的virtual foot軟件也不行：1文獻報道的B.subtilis中一個已經(jīng)熟知的轉錄因子的19bp結合序列輸入進去竟然說找不到，直到允許4mismatch才給出好多無關的結果；2我把事先用virtual foot已經(jīng)查好的某個轉錄因子的結合位點序列再重新輸入進去查找，0 mismatch,1 mismatch 它又找不到了。什么破玩意！ （3）NCBI中可以直接搜索含有某個轉錄因子結合序列的所有基因嗎？還可以選擇1-mismatch,2 mismatch等進行匹配？看到好多文獻里面講在某某全基因組中搜索什么什么轉錄因子結合序列，也沒指明軟件。 |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有53人回復
-
蛋白質檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
西瓜
榮譽版主 (知名作家)
- MolEPI: 50
- 應助: 94 (初中生)
- 貴賓: 3.157
- 金幣: 1849.6
- 散金: 11458
- 紅花: 116
- 沙發(fā): 21
- 帖子: 7553
- 在線: 1449.5小時
- 蟲號: 271749
- 注冊: 2006-08-13
- 性別: GG
- 專業(yè): 細胞衰老
- 管轄: 分子生物
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
看天: 金幣+10, ★★★很有幫助, 很好的思路！如果實在找不到我就只能如此，就是麻煩點了。 2013-05-23 16:57:52
myprayer: 金幣+5, MolEPI+1, 木蟲現(xiàn)在缺少的就是西瓜這樣給力切實的應助帖子。 2013-05-30 10:38:55
感謝參與，應助指數(shù) +1
看天: 金幣+10, ★★★很有幫助, 很好的思路！如果實在找不到我就只能如此，就是麻煩點了。 2013-05-23 16:57:52
myprayer: 金幣+5, MolEPI+1, 木蟲現(xiàn)在缺少的就是西瓜這樣給力切實的應助帖子。 2013-05-30 10:38:55
|
如果你可以把基因組序列下載回來，可以用Vector NTI的motif分析來做。 貌似沒有mismatch的選項，不過可以設置相似度，相似度越低得到的結果越多。 也可以把你的結合序列添加成一個“內切酶”，用酶切位點分析來做。 軟件的使用很簡單，論壇也有許多教程，就不贅述了。 把序列填進去的時候可以參照下面的簡并堿基表： Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985): Symbol Meaning G G A A T T or U C C U U or T R G or A Y T, U or C M A or C K G, T or U S G or C W A, T or U H A, C, T or U B G, T, U or C V G, C or A D G, A, T or U N G, A, T, U or C |
2樓2013-05-23 16:43:56
3樓2013-05-23 17:02:47
|
（1）A genome-wide search using the genome sequence of S. aureus COL revealed the presence of 461 motifs up to 400 bp upstream of predicted genes: 16 motifs without a mismatch, 25 motifs with one mismatch, and 420 motifs with two mismatches (data not shown).To 。。。。 （2）It is also worth noting that when using the consensus sequence to do a whole genome search allowing two or three mismatches, many more putative Rex-binding sites could be identified in intergenic regions and upstream of genes that 。。。 好多文獻都是這樣講的，軟件都沒提到？！ |
4樓2013-05-23 17:14:21
西瓜
榮譽版主 (知名作家)
- MolEPI: 50
- 應助: 94 (初中生)
- 貴賓: 3.157
- 金幣: 1849.6
- 散金: 11458
- 紅花: 116
- 沙發(fā): 21
- 帖子: 7553
- 在線: 1449.5小時
- 蟲號: 271749
- 注冊: 2006-08-13
- 性別: GG
- 專業(yè): 細胞衰老
- 管轄: 分子生物
。我老板最近也要我干這事，不知道有沒有更好的辦法。 5樓2013-05-23 17:18:52
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 看天 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 295求調劑 +3 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 化工學碩306求調劑 +10 | 42838695 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調劑 +4 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 299求調劑 +5 | △小透明* 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學336分求調劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研求調劑 +3 | 橘頌. 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 302求調劑 +4 | 小賈同學123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學材料專碩339分求調劑 +3 | 木子momo青爭 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調劑 +5 | 時間點 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 藥學383 求調劑 +3 | 藥學chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 318求調劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070300化學學碩求調劑 +6 | 太想進步了0608 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070305求調劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 330求調劑 +3 | ?醬給調劑跪了 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩350 求調劑 +4 | 王金科 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調劑 +8 | 困于星晨 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0817化學工程與技術考研312分調劑 +3 | T123 tt 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 福州大學楊黃浩課題組招收2026年專業(yè)學位博士研究生，2026.03.20截止 +3 | Xiangyu_ou 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 283求調劑，材料、化工皆可 +8 | 蘇打水7777 2026-03-11 | 10/500 |
|