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fengshaxia21鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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SPC水分子模型，求密度有些許問(wèn)題 已有1人參與
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RT，我用MS建立了一個(gè)6000分子的SPC水分子模型。但是得到的在293K的密度總是0.96這樣，距離實(shí)際值或者SPC水分子的實(shí)驗(yàn)值都有0.2～0.3的差距（雖然看上去不算大，不過(guò)這沒(méi)關(guān)系嗎？） 我想知道這是什么導(dǎo)致的，density=mass(all)/(參數(shù)*vol)，但是mass是不變的，密度的體積就只跟體積有關(guān)了。為什么在溫度到達(dá)293附近的時(shí)候波動(dòng)還比較大（270～300上下波動(dòng)），密度的波動(dòng)（0.95～0.97上下波動(dòng)）。請(qǐng)大牛們幫我分析一下到底哪里有問(wèn)題。 in文件和data文件如下： in文件： units real dimension 3 boundary p p p atom_style full pair_style lj/cut/coul/long 9.0 9.0 bond_style harmonic angle_style harmonic kspace_style pppm 1.0e-4 read_data water.lammps05 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 velocity all create 298 4928459 dist uniform variable density equal mass(all)*10/(6.0221417930*vol) timestep 0.01 thermo 2000 thermo_style custom step temp press vol etotal v_density fix fixShake all shake 0.0001 100 0 b 1 a 1 fix 1 all npt temp 293.0 293.0 100 iso 1.0 1.0 1000 drag 0.2 run 100000 unfix 1 fix 2 all nve dump 1 all custom 1000 dumpnve.lammpstrj id type xu yu zu run 10000 data文件： LAMMPS 2005 data file for water 6000 atoms 4000 bonds 2000 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0.000000000 39.107300000 xlo xhi 0.000000000 39.107300000 ylo yhi 0.000000000 39.107300000 zlo zhi Masses 1 15.999400 2 1.007970 Pair Coeffs 1 0.1553000000 3.1660000000 2 0.0000000000 0.0000000000 Bond Coeffs 1 450 1 Angle Coeffs 1 47.0000 109.4700 Atoms 1 1 1 -0.82 7.597767833 9.408946512 5.391758138 2 1 2 0.41 6.641116667 9.263121029 5.557195421 3 1 2 0.41 7.756749235 8.739511125 4.691137645 …… |
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