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huyingdamon

銀蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 分離過(guò)程

[求助] 緊急求助

我按照gromacs教程做1QLZ的模擬，第3步能量最小化是出現(xiàn)提示：stepsize too small,or no change in energy.
converged to machine precision,but not to the requested precesion Fmax <1
我沒有改動(dòng)繼續(xù)模擬，到了grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-solvated.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-solvated.tpr這一步，出現(xiàn)錯(cuò)誤
ERROR

ne of the box lengths is smaller than twice the cut-off length.increase the box size or decrease rlist
Program grompp,VERSION 4.0.7
Souce code file:grompp.c, line：909
Fatal error:
There were 1 error<s>processing your input
對(duì)于這個(gè)錯(cuò)誤我不會(huì)改，因?yàn)檎f(shuō)盒子長(zhǎng)度是editconf自動(dòng)形成的，我沒有定義多大，其次參數(shù)文件中沒有rlist，我也覺得參數(shù)文件參數(shù)好像挺少的
參數(shù)文件為：
title = Energy Minimization ; Title of run
; Define can be used to control processes
define = -DFLEXIBLE

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol = 1.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1.0 kJ/mol
nsteps = 500 ; Maximum number of (minimization) steps to perform
nstenergy = 1 ; Write energies to disk every nstenergy steps
energygrps = System ; Which energy group(s) to write to disk

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
ns_type = simple ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
coulombtype = cut-off ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off
rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off
constraints = none ; Bond types to replace by constraints
pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
我前面幾步的命令為
pdb2gmx -f 1QLZ.pdb -o 1QLZ.gro -p 1QLZ.top -ignh
grompp -f minim.mdp -c 1QLZ.gro -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-vacuum.tpr
mdrun -v -deffnm 1QLZ-EM-vacuum -c 1QLZ-EM-vacuum.pdb -pd
editconf -f 1QLZ-EM-vacuum.pdb -o 1QLZ-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.0
genbox -cp 1QLZ-PBC.gro -cs spc216.gro -p 1QLZ.top -o 1QLZ-water.pdb
grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-water.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-water.tpr
genion -s 1QLZ-water.tpr -o 1QLZ-solvated.pdb -conc 0.15 -neutral -pname NA+ -nname CL-
grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-solvated.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-solvated.tpr
這個(gè)問(wèn)題該怎么解決呀，請(qǐng)大家?guī)蛶兔�，我剛學(xué)，好多不懂，謝謝了
對(duì)了還有第四步后new box vectors:7.098 7.098 7.098<nm>

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求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)

1樓 2013-05-30 21:04:03

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

jiaoyixiong

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【答案】應(yīng)助回帖

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ben_ladeng: 金幣+2, 謝謝斑竹解答 2013-05-31 21:11:49
huyingdamon: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-01 10:43:57

1、：stepsize too small,or no change in energy.

一般都是你的模型構(gòu)建的不合理，

2、盒子長(zhǎng)度是editconf自動(dòng)形成的

盒子的長(zhǎng)度是可以自己修改的，后續(xù)模擬中有NPT 系綜模擬，會(huì)調(diào)節(jié)盒子的大小，因此在前面的模擬中，可以適當(dāng)?shù)陌押凶哟笮≌{(diào)節(jié)的略大一些。

3、rlist

你應(yīng)該先看看手冊(cè)，看明白這個(gè)參數(shù)是什么意義？
或者搜索一下小木蟲和gromacs的郵件列表，有一大堆的解釋。

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2013-05-31 08:36:57