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huyingdamon
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[求助]
緊急求助
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我按照gromacs教程做1QLZ的模擬，第3步能量最小化是出現(xiàn)提示：stepsize too small,or no change in energy. converged to machine precision,but not to the requested precesion Fmax <1 我沒(méi)有改動(dòng)繼續(xù)模擬，到了grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-solvated.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-solvated.tpr這一步，出現(xiàn)錯(cuò)誤 ERROR  ne of the box lengths is smaller than twice the cut-off length.increase the box size or decrease rlistProgram grompp,VERSION 4.0.7 Souce code file:grompp.c, line：909 Fatal error: There were 1 error<s>processing your input 對(duì)于這個(gè)錯(cuò)誤我不會(huì)改，因?yàn)檎f(shuō)盒子長(zhǎng)度是editconf自動(dòng)形成的，我沒(méi)有定義多大，其次參數(shù)文件中沒(méi)有rlist，我也覺(jué)得參數(shù)文件參數(shù)好像挺少的 參數(shù)文件為： title = Energy Minimization ; Title of run ; Define can be used to control processes define = -DFLEXIBLE ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1.0 kJ/mol nsteps = 500 ; Maximum number of (minimization) steps to perform nstenergy = 1 ; Write energies to disk every nstenergy steps energygrps = System ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions ns_type = simple ; Method to determine neighbor list (simple, grid) coulombtype = cut-off ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off constraints = none ; Bond types to replace by constraints pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 我前面幾步的命令為 pdb2gmx -f 1QLZ.pdb -o 1QLZ.gro -p 1QLZ.top -ignh grompp -f minim.mdp -c 1QLZ.gro -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-vacuum.tpr mdrun -v -deffnm 1QLZ-EM-vacuum -c 1QLZ-EM-vacuum.pdb -pd editconf -f 1QLZ-EM-vacuum.pdb -o 1QLZ-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.0 genbox -cp 1QLZ-PBC.gro -cs spc216.gro -p 1QLZ.top -o 1QLZ-water.pdb grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-water.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-water.tpr genion -s 1QLZ-water.tpr -o 1QLZ-solvated.pdb -conc 0.15 -neutral -pname NA+ -nname CL- grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-solvated.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-solvated.tpr 這個(gè)問(wèn)題該怎么解決呀，請(qǐng)大家?guī)蛶兔�，我剛學(xué)，好多不懂，謝謝了 對(duì)了還有第四步后new box vectors:7.098 7.098 7.098<nm> |
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1、：stepsize too small,or no change in energy. 一般都是你的模型構(gòu)建的不合理， 2、盒子長(zhǎng)度是editconf自動(dòng)形成的 盒子的長(zhǎng)度是可以自己修改的，后續(xù)模擬中有NPT 系綜模擬，會(huì)調(diào)節(jié)盒子的大小，因此在前面的模擬中，可以適當(dāng)?shù)陌押凶哟笮≌{(diào)節(jié)的略大一些。 3、rlist 你應(yīng)該先看看手冊(cè)，看明白這個(gè)參數(shù)是什么意義？ 或者搜索一下小木蟲和gromacs的郵件列表，有一大堆的解釋。 |
2樓2013-05-31 08:36:57
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