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namd能量最小化完成后給我的十幾個(gè)文件怎么沒(méi)有pdb格式的呀
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| 花了一個(gè)下午終于跟著namd教程做完了一次泛素的能量最小化模擬，但是到最后卻給我一堆coor,dcg, log結(jié)尾的文件，還不能用vmd和pymol打開(kāi)，這到底是怎么回事啊，求高手解答 |
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1、你為什么不讀手冊(cè)呢？ 2、“一堆coor,dcg, log結(jié)尾的文件”，這些文件是什么意思？你為什么不去弄懂呢？（還有打錯(cuò)的） 3、還不能用vmd 打開(kāi)，是因?yàn)槟銢](méi)有認(rèn)真對(duì)待上面的兩個(gè)問(wèn)題 4、論壇里發(fā)帖子的時(shí)候，都會(huì)提示你先搜索論壇，看看有沒(méi)有類似的問(wèn)題，之前發(fā)過(guò)。 5、你看的教程里面就沒(méi)有教你怎么用VMD 載入，分析，處理軌跡文件嗎？ |
2樓2013-06-11 08:24:57
broken1999
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3樓2013-06-11 09:56:36
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4樓2013-06-11 14:19:27
好的，我現(xiàn)在就去學(xué)習(xí) 5樓2013-06-11 15:09:33
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namd的輸出并沒(méi)有提供pdb這個(gè)格式的選項(xiàng)，為此，你還得需要轉(zhuǎn)換一下格式，成為你需要的pdb格式，以便在各個(gè)軟件中使用，這里介紹的雖然還是vmd，還是不同以往，這里直接使用plugin的catdcd命令輸出你要的pdb格式。 使用命令： catdcd -o outputfile [-otype <filetype>] [-i indexfile] [-stype <filetype>] [-s structurefile] [-first firstframe] [-last lastframe] [-stride stride] [-<filetype>] inputfile1 [-<filetype>] inputfile2 ... 例如：首先，確定你的dcd文件里一共含有多少frame catdcd -num your.dcd 然后這個(gè)會(huì)給出一共有多少frame，記住即可 然后進(jìn)一步，如果你的dcd有10個(gè)frame，想輸出最后一個(gè)frame的結(jié)構(gòu)，可以這樣執(zhí)行 catdcd -o your_last_frame.pdb -otype pdb - first 10 -last 10 -s your.psf -dcd your.dcd 這樣就會(huì)得出你需要的pdb格式的結(jié)構(gòu)。 -o 輸出文件的名字 -otype 輸出文件的格式 -first 從第幾個(gè)frame開(kāi)始 -last 到哪個(gè)frame結(jié)束，默認(rèn)的是最后一個(gè)，所以如果你輸出最后一個(gè)frame，你可以不要這個(gè)選項(xiàng) -s 結(jié)構(gòu)文件，是你輸入的psf文件或者與psf文件對(duì)應(yīng)的那個(gè)pdb文件皆可 -dcd 你得到的軌跡文件 這樣就大功告成了��！祝你學(xué)習(xí)路上一路順風(fēng)，不要一把心酸淚。。。。 |
6樓2013-06-11 18:13:02
broken1999
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7樓2013-06-12 09:53:30
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