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[求助]
namd能量最小化完成后給我的十幾個文件怎么沒有pdb格式的呀
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| 花了一個下午終于跟著namd教程做完了一次泛素的能量最小化模擬，但是到最后卻給我一堆coor,dcg, log結(jié)尾的文件，還不能用vmd和pymol打開，這到底是怎么回事啊，求高手解答 |
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2樓2013-06-11 08:24:57
broken1999
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3樓2013-06-11 09:56:36
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4樓2013-06-11 14:19:27
好的，我現(xiàn)在就去學(xué)習(xí) 5樓2013-06-11 15:09:33
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namd的輸出并沒有提供pdb這個格式的選項，為此，你還得需要轉(zhuǎn)換一下格式，成為你需要的pdb格式，以便在各個軟件中使用，這里介紹的雖然還是vmd，還是不同以往，這里直接使用plugin的catdcd命令輸出你要的pdb格式。 使用命令： catdcd -o outputfile [-otype <filetype>] [-i indexfile] [-stype <filetype>] [-s structurefile] [-first firstframe] [-last lastframe] [-stride stride] [-<filetype>] inputfile1 [-<filetype>] inputfile2 ... 例如：首先，確定你的dcd文件里一共含有多少frame catdcd -num your.dcd 然后這個會給出一共有多少frame，記住即可 然后進一步，如果你的dcd有10個frame，想輸出最后一個frame的結(jié)構(gòu)，可以這樣執(zhí)行 catdcd -o your_last_frame.pdb -otype pdb - first 10 -last 10 -s your.psf -dcd your.dcd 這樣就會得出你需要的pdb格式的結(jié)構(gòu)。 -o 輸出文件的名字 -otype 輸出文件的格式 -first 從第幾個frame開始 -last 到哪個frame結(jié)束，默認(rèn)的是最后一個，所以如果你輸出最后一個frame，你可以不要這個選項 -s 結(jié)構(gòu)文件，是你輸入的psf文件或者與psf文件對應(yīng)的那個pdb文件皆可 -dcd 你得到的軌跡文件 這樣就大功告成了�。∽Ｄ銓W(xué)習(xí)路上一路順風(fēng)，不要一把心酸淚。。。。 |
6樓2013-06-11 18:13:02
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7樓2013-06-12 09:53:30
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