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lmcyjxs金蟲 (正式寫手)
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[求助]
大牛來指點下啊~CDS區(qū)到底含不含內(nèi)含子？看了相關(guān)的帖反而把我搞糊涂了
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各位大俠，我要崩潰了，不是說我沒之前沒看過帖，而是看了帖之后把我搞混了。 1 CDS區(qū)到時含不含內(nèi)含子？有一個老師說不含，一個說含，我看了論壇，兩種說法我都好像看過。我認為是不含的。 2 如果CDS區(qū)不含內(nèi)含子，有些基因在NCBI里查到的，標題上注明是全長CDS區(qū)，但下面的注釋里卻顯示含有很多個CDS區(qū)，基因序列也顯示含有多個CDS區(qū)，如圖1，難道CDS區(qū)真含有內(nèi)含子才是正解？但為什么我克隆了一個基因，反轉(zhuǎn)錄得到的，不含內(nèi)含子了，獲得的基因就跟圖1情況一樣，終止密碼子還更多，導致多個CDS區(qū)存在，怎么會這樣呢？如圖2 3 若在一個基因序列里，含有多個CDS區(qū)（就是在多個不同位置含終止密碼子），連接到表達載體是不是指翻譯其識別的第一個CDS？ 1.jpg 2.jpg |
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kx444555: 金幣+5, 很詳細，鼓勵交流 2013-06-16 21:02:18
lmcyjxs: 金幣+2, ★★★★★最佳答案, 看到這么熱心的回復，心情好激動！非常感謝！感謝你的慷慨解囊，表示學到不少東西！呵呵 2013-06-16 23:52:12
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說明幾點（給出具體文獻�。� 1.編碼區(qū)（cds）就是指成熟mRNA的外顯子（exon）區(qū)域，有些mRNA的前體切割下的內(nèi)含子(intron)區(qū)域也可以編碼，比如snoRNA就是用一些mRNA的內(nèi)含子(intron)編碼的，那種情況相對而言比較少見。 cds定義： http://www.answers.com/topic/coding-region “Oxford Dictionary of Biochemistry: coding region or coding sequence or coding sequence 1.(of a DNA molecule) an alternative name for exon. 2.(of a messenger RNA molecule) the portion of its complete nucleotide sequence that is translatable into polypeptide. It starts with the initiation codon AUG and ends with one of the termination codons UAA, UAG, or UGA.” Read more: http://www.answers.com/topic/coding-region#ixzz2WMqFAxT2 另見：B.Lewin,Genes IX,JONES AND BARTLETT PUBLISHERS,2008,P848: "A coding region is a part of the gene that represents aprotein sequence." 2.不同的基因可能編碼區(qū)域會有所重疊（即讀碼框不同），比如抗體的可變區(qū)的編碼區(qū)。 3編碼區(qū)（cds）內(nèi)有時的確會有終止密碼子存在，我就是說外顯子序列，這時細胞（原核細胞、真核細胞都包括，還包括病毒侵入原核細胞、真核細胞后的病毒基因的翻譯情況）的轉(zhuǎn)錄后水平和翻譯可能會采取三種措施來消除終止密碼子的翻譯終止的作用：（1）RNA modification（原位改變堿基或者糖環(huán)）。（2）RNA editing（既有原位改變堿基又有插入或刪除剪輯）。RNA modification與RNA editing的除改變位點外的其他區(qū)別在：RNA modification的種類比RNA editing要多很多；RNA editing可以插入和刪除RNA的堿基----及改變RNA的堿基數(shù)量，RNA修飾不會；RNA editing的后果很多與翻譯直接相關(guān)，RNA modification不強調(diào)這點。（3）Translational Hopping.翻譯跳讀，核糖體在翻譯時有一段編碼區(qū)不翻譯直接跳過，并且可能造成以后的ORF的改變，比如T4噬菌體。（4）Recoding。比如特殊位置的UGA可以編碼硒代半胱氨酸，Selenocysteine，這是改變密碼子的原始含義；但是還有另外的情況：核糖體在翻譯時發(fā)生編碼框的移動，經(jīng)常是以一個堿基的位置，并且可能造成以后的ORF的改變；最后核糖體翻譯一個氨基酸而直接占用四個堿基并且造成以后的ORF的改變。 2與3參考文獻： (1)B.Lewin,Genes IX,JONES AND BARTLETT PUBLISHERS,2008,P37-54; (2)M.B.Mathews,N.Sonenberg,J.W.B.Hershey edit,Translational Control in Biology and Medicine,Cold Spring Habor Laboratory Press,2007,,P625-654. |
10樓2013-06-16 17:12:01
laoshi0633
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5樓2013-06-14 17:08:49
【答案】應助回帖
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lmcyjxs: 金幣+4, ★★★很有幫助, 確實有些不明白的地方，望繼續(xù)多多指點~ 2013-06-15 00:37:25
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kx444555: 金幣+3, 鼓勵交流 2013-06-16 21:01:23
第一、基礎(chǔ)知識的確需要補一下，小小批評一下 第二、所謂cds區(qū)，就是指編碼區(qū)，什么叫編碼區(qū)，就是編碼蛋白的區(qū)域，而你在ncbi查找到的這個序列式DNA序列，如果你的截圖沒有錯誤的話，應該是ncbi的標題有問題（四川農(nóng)大的人有些馬虎了�。栽诮忉尷锩妫琺RNA那一行，告訴你那個堿基到多少位堿基，給出了你mRNA范圍，可見你研究的基因有兩個外顯子，而CDS是直接相對于RNA來說的。 第三、的確存在對于某些我們認為的終止密碼子，編碼了其他的氨基酸的情況，但是對于你的這個，我建議你自己看看有沒有復制錯堿基字母，或者你同ncbi上給出的氨基酸序列比對一下。 希望可以幫到你，試驗順利~~如有不明白，可聯(lián)系~~妹子  |
6樓2013-06-14 20:52:29
7樓2013-06-15 08:25:26
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我表示沒有復制錯~~看第一個圖的鏈接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1，當你點擊右邊的“Highlight Sequence Features”，系統(tǒng)會將CDS區(qū)高亮顯示，你可以試試。。。 第二個圖是我自己的克隆的基因的截圖啦，我是覺得奇怪，怎么會有中間有這么多終止密碼子，就算有些終止密碼子可以編碼，但是不能說明我克隆的基因，每個終止密碼子都子編碼，從而不終止翻譯。。。 再來一個類似的鏈接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=VRP0PJY2015 這個鏈接的基因跟我克隆的基因的情況更像。。。 其實類似這樣的基因還有很多，新手表示不太理解。。。只是很想知道答案，不要見怪~~~  |
9樓2013-06-15 11:17:06
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