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gyty木蟲(chóng) (初入文壇)
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關(guān)于 VASP 的編譯經(jīng)驗(yàn)分享
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（本文首發(fā)于 中國(guó)科學(xué)院大學(xué) 凝聚態(tài)理論與計(jì)算材料物理實(shí)驗(yàn)室論壇，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處！ http://tcmp2.ucas.ac.cn/bbs/-/message_boards/view_message/34944） 關(guān)于 VASP 的編譯，最近有一些心得體會(huì)，寫(xiě)出來(lái)拋磚引玉，與大家共享： 1) 首先是編譯環(huán)境的配置： VASP 并行版本的編譯（串行版本的不常用）需要如下工具： Intel Fortran Compiler : ifort 并行編譯器：mpif90 或者 mpiifort 數(shù)學(xué)庫(kù)：一般常用Intel MKL，如果有其他的當(dāng)然也可以 關(guān)于 Fortran 編譯器，我們一般Intel架構(gòu)的機(jī)器好像只能使用ifort來(lái)編譯，如果使用GNU開(kāi)發(fā)的gfortran編譯，就是一個(gè)大大的杯具。從Intel 官網(wǎng)上可以下載Fortran編譯器： http://software.intel.com/en-us/ ... -evaluation-options 安裝Fortran 編譯器的時(shí)候好像會(huì)自動(dòng)把MKL安裝上，很是省事。當(dāng)然，編譯器和數(shù)學(xué)庫(kù)的安裝是需要許可證的，這個(gè)事情 … 大家都是盜版磚家，神通廣大，深藏不露，這里我就不羅嗦了！其實(shí)Intel會(huì)有提供30天的試用版本，可以嘗試。 關(guān)于并行編譯器，可以使用 openmpi mpich IntelMPI 等等，安裝的事情我不想多說(shuō)了，DEB系列的系統(tǒng)直接apt-get install，其他系列的我不是很了解。當(dāng)然可以從源代碼編譯安裝，或者比如Intel的并行開(kāi)發(fā)運(yùn)行環(huán)境，從官網(wǎng)或者其他途徑下載安裝包，安裝起來(lái)應(yīng)該不是特別復(fù)雜。 需要注意的是，使用哪種MPI編譯，就要使用對(duì)應(yīng)的mpirun來(lái)并行運(yùn)行，它們互相之間好像是不兼容，記得好好設(shè)置 PATH LD_LIBRARY_PATH 兩個(gè)變量。VASP 運(yùn)行時(shí)是一撲成吊絲，還是一飛成高富帥，它們有關(guān)鍵性的作用。 2) 關(guān)于 VASP 的編譯 1. 在 vasp.x.lib 中執(zhí)行 make，可能需要先把 makefile.linux_ifc_P4 復(fù)制為 makefile ，并將其中的 FC=ifc 改為 FC=ifort。 這一步應(yīng)該是非常easy的！ 2. 接下來(lái)的才是重頭戲，切換工作目錄到 vasp.x.x ，就是VASP源代碼，在這里，首先要好好地修改 makefile： 同樣，我們從 makefile.linux_ifc_P4 開(kāi)始，把它復(fù)制為 makefile ，然后用純文本編輯器，比如VIM，打開(kāi)。其中幾個(gè)比較關(guān)鍵的變量給出設(shè)置模板如下： FC=mpiifort -heap-arrays MKLPATH=/share/apps/Intel.Fortran.Compiler.2013.1.117/mkl FFLAGS = -I$(MKLPATH)/include/fftw -FR -lowercase -assume byterecl BLAS= -L$(MKLPATH)/lib/intel64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 LAPACK= -L$(MKLPATH)/lib/intel64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 SCA= -L$(MKLPATH)/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64.a -lmkl_blacs_intelmpi_lp64.a 或者 SCA= -L$(MKLPATH)/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 另外，關(guān)于FFT函數(shù)庫(kù)，有兩種選擇，對(duì)于以前的Intel數(shù)學(xué)庫(kù)，好像只支持 FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o 而2013年新的數(shù)學(xué)庫(kù)支持一個(gè)更快的FFT函數(shù)庫(kù)，這時(shí)可以采用如下設(shè)置： FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o 可能需要針對(duì) fftw3d.o 設(shè)置特殊的編譯規(guī)則： fftw3d.o : fftw3d.F $(CPP) $(FC) -I$(MKLPATH)/include/fftw -FR -lowercase -O1 $(INCS) -c $*$(SUFFIX) 或者干脆直接設(shè)置 INCS = -I$(MKLPATH)/include/fftw 關(guān)于 makefile 中變量的設(shè)置，就說(shuō)這么多。這里面的事情，參考著上面給出的示例，自己捉摸一下應(yīng)該沒(méi)有太大的問(wèn)題，都懂的，說(shuō)太多就沒(méi)意思了，點(diǎn)到為止。 好吧，再?lài)Z叨幾句： 如果不是使用 mpiifort 來(lái)編譯的話(huà)，比如是 mpif90，記得將其調(diào)用的 fortran 編譯器設(shè)置為 ifort 。有兩種方式：一是重新編譯并行編譯器，在編譯選項(xiàng)中指定其調(diào)用的Fortran編譯器，這種方式可能有點(diǎn)麻煩；二是采用比較取巧的方法，由于mpif90默認(rèn)調(diào)用gfortran作為Fortran編譯器，那我們做一個(gè)符號(hào)鏈接就可以了：gfortran -> ifort。另外需要注意的是，可能同時(shí)得修改 BLAS LAPACK 和 SCA 變量中的部分鏈接庫(kù)名字，詳情請(qǐng)參考 makefile ，因?yàn)槠渲心J(rèn)是使用 mpif90 編譯器。 到這里，關(guān)于makefile的修改應(yīng)該就差不多了，保存退出后執(zhí)行 make ，如果人品足夠好，一般等上十分鐘二十分鐘的就可以得到編譯好的可執(zhí)行 vasp 二進(jìn)制文件。這里有一個(gè)小技巧：直接執(zhí)行make編譯是順序進(jìn)行的，如果使用 make -j N ，則可以同時(shí)并發(fā)N個(gè)編譯，速度會(huì)快上很多（N倍？）。但是由于makefile中沒(méi)有針對(duì)并發(fā)編譯做特殊的處理，所以這樣操作很容易出錯(cuò)。當(dāng)然，出來(lái)混，拼的就是人品！如果出錯(cuò)退出了，不用捉急，一般是由于編譯過(guò)程的沖突導(dǎo)致的，再執(zhí)行make順序編譯過(guò)這一段，接下來(lái)再并發(fā)編譯，照樣是可以的。 最后，編譯過(guò)程中遇到問(wèn)題的時(shí)候，不要難過(guò)，搞個(gè)兩三天才編譯通過(guò)是很正常的事情，要淡定，要多上網(wǎng)搜，要多看VASP the GUIDE中的第三節(jié)：The installation of VASP，其中有很詳細(xì)的解釋。另外，VASP the GUIDE中有一些關(guān)于優(yōu)化執(zhí)行效率的討論，很有參考價(jià)值，要深入學(xué)習(xí)，領(lǐng)會(huì)精神！ 祝編譯順利，VASP開(kāi)發(fā)小組與我們同在！ 2013-06-15 秦光照 |
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gyty
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