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[求助]
分子生物學(xué)小白求助序列處理問題
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小弟現(xiàn)在是拿環(huán)境中真核浮游植物的18S 基因做生物多樣性，由于沒有分子生物學(xué)的背景，基本屬于小白�，F(xiàn)在拿到了一些數(shù)據(jù)，但是不懂得處理，一些生物信息學(xué)的軟件也不會(huì)用，實(shí)在愁人 。望小木蟲里的眾大神解救 我主要的問題如下： 1、我做生物多樣性，拿到序列之后的處理流程：序列處理-劃分OTU-做進(jìn)化樹，這個(gè)想法對(duì)么？ 2、關(guān)于序列處理，我拿到一批序列后的處理思路應(yīng)該是怎樣？（之前沒有處理過，什么都不懂，所以拿到序列之后一點(diǎn)想法都沒有，不知道該干嘛...還望大神們提點(diǎn)） 3、有的序列是正向的有的是反向的，如何確定哪些序列是反向的（還有會(huì)不會(huì)有互補(bǔ)的序列？）？如果是反向的，那么比對(duì)的時(shí)候如何倒過來？用什么軟件？怎么操作（看了半天的使用說明書還是很茫然，只有請(qǐng)教各位大神了）？（我現(xiàn)在裝的軟件有BioEdit，Mega 5，primer premier 5，Clustal X2，以下同） 4、序列比對(duì)的時(shí)候要把PCR的引物加進(jìn)去一起比對(duì)? 添加進(jìn)去的引物序列是實(shí)際引物的互補(bǔ)序列？比對(duì)序列的時(shí)候把不同序列中的相同的堿基序列對(duì)應(yīng)起來，這樣做是為了做什么？比對(duì)完之后下一步又該做什么？ 5、如何劃分OTU？怎么操作？在劃分OTU之前先要做好哪些準(zhǔn)備工作？ 6、稀釋曲線怎么做？ 7、檢測(cè)和去除chimera是指什么？做什么用的？怎么做？ |
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二月smile
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7樓2016-10-15 20:24:46
為什么都沒人回啊... 2樓2013-06-16 19:22:53
4樓2013-06-17 08:45:20
wujiangjack
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5樓2013-06-17 13:58:12
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