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hkxya7

金蟲 (小有名氣)

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[求助] 有關(guān)DGGE測序的一些疑問

各位蟲友好，我在DGGE割膠回收測序上遇到一個(gè)問題，就是我拿到測序結(jié)果以后，將測序結(jié)果與NCBI數(shù)據(jù)庫對(duì)比，發(fā)現(xiàn)其中與很多菌種的匹配度達(dá)到100%。DGGE擴(kuò)增的區(qū)域是V3區(qū)域，這一區(qū)域的片段的大小是200bp左右，我想這么小的片段是不是很難反映出它的遺傳信息，所以我想問一下有做過DGGE割膠回收的蟲友們怎么看待這個(gè)問題，是不是我中間有什么地方理解錯(cuò)誤了。

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【求助/交流】請問DGGE條帶測序后如何繪制系統(tǒng)發(fā)育圖已經(jīng)有14人回復(fù)

1樓 2013-07-02 08:26:10

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wubingqi

木蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

沒有問題，200bp包含的遺產(chǎn)信息確實(shí)有限，而且現(xiàn)在提交GENBANK，200bp的也不讓提交了。你可以用V3-V5區(qū)做DGGE，然后切膠回收測序，片段大笑在500-600bp之間。另外，即便是這樣，你比對(duì)出的大部分結(jié)果也是不可培養(yǎng)細(xì)菌。

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回復(fù)此樓

2樓2013-07-02 08:55:10

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