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mystao新蟲 (初入文壇)
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[求助]
怎樣預(yù)測(cè)一批mirna的靶基因
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| 我把一批miRNA放到一個(gè)txt文件里，想預(yù)測(cè)miRNA的靶基因，targetscan和mirbase都只可以單個(gè)輸入，求解決方案，謝謝 |
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我要學(xué)perl么
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【答案】應(yīng)助回帖
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去官方網(wǎng)站下程序、miRNA種子序列以及多序列比對(duì)等數(shù)據(jù)可以預(yù)測(cè)。 另外有一種方法也可以預(yù)測(cè)。比如說targetscan網(wǎng)站，當(dāng)你輸入mmu-miR-148a的時(shí)候得到結(jié)果的網(wǎng)址如下： http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_61/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=mmu-miR-148a 網(wǎng)址后綴不同的地方是mmu-miR-148a，其他部分都一樣。因此可以根據(jù)你的miRNA名稱文件，得到一批對(duì)于的網(wǎng)址，然后解析可以得到結(jié)果。具體可以用perl編程。 |
2樓2013-07-10 17:25:38
mystao
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3樓2013-07-11 11:31:21
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