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怎樣判斷一個(gè)新基因序列完不完整呢？
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小蟲用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫的unigene和3‘race獲得了1600左右的序列，3'基本完整，5‘端做了一次步移。測序回來的結(jié)果是步移序列3’端80bp左右認(rèn)為是該蛋白，之前的400bp則比對(duì)不上，這里懷疑是內(nèi)含子。 用幾種軟件進(jìn)行ORF分析，均表示該原有序列（不含這次步移增加的序列，增加步移獲得的400bp去分析仍為同樣的ORF）含有一個(gè)翻譯411個(gè)氨基酸的讀碼框，但是該411氨基酸均是從其他物種該蛋白的200位之后開始的。 請問，能否認(rèn)為已經(jīng)獲得了完整的ORF？ 本人覺得不是，但是，請問高手有什么辦法繼續(xù)推進(jìn)呢？ 不勝感激�。� |
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