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[求助]
關于GROMACS模擬蛋白質的重復性
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對象是酶（不到700個氨基酸）與底物小分子的結合體 手動在二者之間添加共價鍵，通過MD觀察小分子與活性位點間是否形成預測的氫鍵。 問題是：MD跑了2次，各20ns，一次出現(xiàn)氫鍵，一次沒有。是GROMACS-MD的重復性不好么？ 看文獻里用AMBER跑蛋白質，模擬結構和晶體結構的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的話一般都是2~3A，是GROMACS自己的問題么？ |
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 MDs-Gromacs |
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