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sunnylfq新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于GROMACS模擬蛋白質(zhì)的重復(fù)性
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對(duì)象是酶（不到700個(gè)氨基酸）與底物小分子的結(jié)合體 手動(dòng)在二者之間添加共價(jià)鍵，通過(guò)MD觀察小分子與活性位點(diǎn)間是否形成預(yù)測(cè)的氫鍵。 問(wèn)題是：MD跑了2次，各20ns，一次出現(xiàn)氫鍵，一次沒(méi)有。是GROMACS-MD的重復(fù)性不好么？ 看文獻(xiàn)里用AMBER跑蛋白質(zhì)，模擬結(jié)構(gòu)和晶體結(jié)構(gòu)的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的話一般都是2~3A，是GROMACS自己的問(wèn)題么？ |
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 MDs-Gromacs |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-07-18 16:16:58
sunnylfq: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-07-19 08:59:39
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sunnylfq: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-07-19 08:59:39
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你是用的sd跑的？每次的初始態(tài)都一樣么？（初始速度是隨機(jī)生成的？） 如果你用的積分算法是md,而且每次運(yùn)行時(shí)初始速度都相同（都設(shè)置為0，或者輸入一個(gè)初始速度），那么gromacs-md拋出的結(jié)果嚴(yán)格一樣。 如果是做平行樣本的話，建議多做幾組，可以適當(dāng)?shù)难娱L(zhǎng)模擬時(shí)間 |
2樓2013-07-17 19:44:02
sunnylfq
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 39
- 帖子: 3
- 在線: 4.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 1961693
- 注冊(cè): 2012-08-29
- 專業(yè): 化工系統(tǒng)工程
3樓2013-07-18 11:35:13
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