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郭瑞堅(jiān)001

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[求助] 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些問(wèn)題，求解答

我做的是昆蟲的分子，測(cè)序后回來(lái)的序列值NCBI上比對(duì)后，后面出現(xiàn)的同源性高的都是一些線蟲的，或者是一些桿菌的序列，不是昆蟲的啊，不知道這是怎么回事？
還有些序列比對(duì)后，竟然連家族都跟測(cè)序回來(lái)的有出入，不是一個(gè)酶的基因？

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1樓 2013-07-24 17:25:50

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2樓: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-24 18:05:21
最大的可能是污染了

您是說(shuō)我的轉(zhuǎn)錄組污染了嗎？我?guī)熜质钦f(shuō)可能我做的這個(gè)基因在昆蟲上的研究比較少，才出現(xiàn)其他物種的同源基因，但是我從轉(zhuǎn)錄組拿一條在很多物種都表達(dá)的序列去比對(duì)，發(fā)現(xiàn)也是出現(xiàn)的桿菌的序列個(gè)我的目的序列同源性較大

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3樓2013-07-24 21:07:02

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2樓2013-07-24 18:05:21

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
myprayer: 金幣+1, 贈(zèng)人玫瑰手有余香，分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-25 14:30:09
郭瑞堅(jiān)001: 金幣+5, ★有幫助 2013-09-04 11:13:38

比對(duì)結(jié)果出現(xiàn)最大的相似不是其它昆蟲出現(xiàn)幾率很小的事情, 畢竟有很多昆蟲的序列在數(shù)據(jù)庫(kù)里面已經(jīng)有了.
請(qǐng)問(wèn)你送去測(cè)序的樣品是怎么制備的?

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4樓2013-07-24 22:02:04

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4樓: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-24 22:02:04
比對(duì)結(jié)果出現(xiàn)最大的相似不是其它昆蟲出現(xiàn)幾率很小的事情, 畢竟有很多昆蟲的序列在數(shù)據(jù)庫(kù)里面已經(jīng)有了.
請(qǐng)問(wèn)你送去測(cè)序的樣品是怎么制備的?

比對(duì)結(jié)果出現(xiàn)的相似度靠前的都不是昆蟲的，而是桿菌的，所以我懷疑這個(gè)序列可能不是，但是測(cè)序回來(lái)的注釋寫的是，但是公司拿來(lái)比對(duì)是也是根據(jù)桿菌的序列確定的。所以是不是說(shuō)這個(gè)序列有可能不是我要確定的目的序列。另，我想做的基因在轉(zhuǎn)錄組里面可以篩選嗎？我想篩很多條，能全最好，如果不全怎么弄？謝謝您的幫助？

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5樓2013-07-27 10:27:53

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