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基因序列
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如果一種植物沒(méi)有研究過(guò)，任何沒(méi)有任何序列報(bào)道，是不是只能依靠模式植物同源測(cè)序？ cexu [ Last edited by 尼爾墨客 on 2013-8-31 at 03:35 ] |
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 蛋白質(zhì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 核酸生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) |
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bullfrog325
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凌波麗
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
尼爾墨客: 金幣+9, 哇你好厲害 金幣全給你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
尼爾墨客: 金幣+9, 哇你好厲害 金幣全給你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
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研究方法很多了，你可以從信號(hào)途徑中的蛋白質(zhì)入手，其中末端蛋白質(zhì)可以指向是不是該信號(hào)途徑是通過(guò)基因表達(dá)調(diào)控發(fā)揮作用的，實(shí)際研究時(shí)可以末端蛋白質(zhì)出發(fā)往前找。基本研究方法是DNAProtein interaction,Protein-Protein interaction，基因或者蛋白質(zhì)的功能四個(gè)方面的研究方法。 一、確定一個(gè)未知基因的功能的實(shí)驗(yàn)方法有很多，比如：基因敲除，酵母雙雜交，定點(diǎn)突變，基因過(guò)表達(dá)，噬菌體展示等。 另外如果已知該GENE(如果它編碼蛋白質(zhì)的話)的表達(dá)出的蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)已經(jīng)獲得,比如用X-RAY衍射或NMR等測(cè)定,再利用TOP3D查詢本地PDB庫(kù),以及查詢DALI數(shù)據(jù)庫(kù),去找出較為相似的結(jié)構(gòu)或同源蛋白質(zhì)可推測(cè)未知蛋白質(zhì)的功能。如果找不到相似的結(jié)構(gòu)或同源蛋白質(zhì)，而且所研究的GENE編碼的蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)，那么你就應(yīng)從其局部結(jié)構(gòu)入手，看其有關(guān)的domain,motif有哪些？然后去查閱有關(guān)的domain,motif的可能功能，再去比較一下有這些domain,motif的蛋白質(zhì)的功能有哪些？還可比較與你的新蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)相似的以知蛋白質(zhì)（兩者一級(jí)結(jié)構(gòu)可有較大不同）的功能有哪些？可用免疫檢測(cè)。完全避開(kāi)從GENE EXPRESSION角度去確定一個(gè)未知PROTEIN的功能，這在目前不大可能，別的不說(shuō)，即使從蛋白質(zhì)的一級(jí)序列用生物信息學(xué)和理論生物物理學(xué)方法推出二級(jí)結(jié)構(gòu)都不是很準(zhǔn)（無(wú)論具體用何種算法），從蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)其功能，即使有同源蛋白質(zhì)也很不容易，而且只不過(guò)是猜測(cè)，沒(méi)有實(shí)驗(yàn)證據(jù)證明都不可信！完全從生物信息學(xué)的手段獲得功能信息，可能根本無(wú)實(shí)際價(jià)值。當(dāng)然做些猜測(cè)，可用上面的思路。最終要考第一段的實(shí)研方法。 基因的異位表達(dá)或者過(guò)表達(dá)也是有效的研究基因的功能的試驗(yàn)方法，比如2006年iPS cell的長(zhǎng)生就是使用了基因的異位表達(dá)或者過(guò)表達(dá)方法。 二、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白的主要類型及其發(fā)揮作用的方式包括： 1.代謝酶，影響細(xì)胞代謝；2.基因表達(dá)調(diào)控蛋白：激活或抑制基因表達(dá)：3.細(xì)胞骨架蛋白：改變細(xì)胞形狀和運(yùn)動(dòng)。 ------參見(jiàn)：翟中和、王喜忠、丁明孝 主編，細(xì)胞生物學(xué)，高教出版社，2011年，第四版，第162頁(yè)，圖9-7.原圖是說(shuō)明細(xì)胞表面受體介導(dǎo)的細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)的組成。 實(shí)際上還有如NO,CO氣體信號(hào)分子直接透過(guò)細(xì)胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號(hào)傳導(dǎo)途徑和甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子，透過(guò)細(xì)胞質(zhì)膜與核膜與細(xì)胞核內(nèi)受體結(jié)合而調(diào)控基因表達(dá)。 但是NO,CO氣體信號(hào)分子直接透過(guò)細(xì)胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號(hào)傳導(dǎo)途徑的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白也是代謝酶，甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子，透過(guò)細(xì)胞質(zhì)膜與核膜與細(xì)胞核內(nèi)受體結(jié)合而調(diào)控基因表達(dá)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白也是基因表達(dá)調(diào)控蛋白，所以“信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白的主要類型及其發(fā)揮作用的方式包括：1.代謝酶，影響細(xì)胞代謝；2.基因表達(dá)調(diào)控蛋白：激活或抑制基因表達(dá)：3.細(xì)胞骨架蛋白：改變細(xì)胞形狀和運(yùn)動(dòng)”，仍然成立！ 信號(hào)通路遠(yuǎn)不止三種，細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)的細(xì)胞表面的介導(dǎo)受體的就包括：離子通道偶聯(lián)受體、G蛋白偶聯(lián)受體和酶聯(lián)受體三種，至于轉(zhuǎn)錄因子屬于細(xì)胞信號(hào)通路的末端蛋白質(zhì)之一的基因表達(dá)調(diào)控蛋白，但是.基因表達(dá)調(diào)控蛋白不只限于轉(zhuǎn)錄因子。 |
5樓2013-08-05 00:32:52
凌波麗
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6樓2013-08-05 00:36:37
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