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基因序列
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如果一種植物沒有研究過，任何沒有任何序列報道，是不是只能依靠模式植物同源測序？ cexu [ Last edited by 尼爾墨客 on 2013-8-31 at 03:35 ] |
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4樓2013-08-04 20:54:56
3樓2013-08-04 17:59:51
凌波麗
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
尼爾墨客: 金幣+9, 哇你好厲害 金幣全給你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
尼爾墨客: 金幣+9, 哇你好厲害 金幣全給你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
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研究方法很多了，你可以從信號途徑中的蛋白質(zhì)入手，其中末端蛋白質(zhì)可以指向是不是該信號途徑是通過基因表達調(diào)控發(fā)揮作用的，實際研究時可以末端蛋白質(zhì)出發(fā)往前找。基本研究方法是DNAProtein interaction,Protein-Protein interaction，基因或者蛋白質(zhì)的功能四個方面的研究方法。 一、確定一個未知基因的功能的實驗方法有很多，比如：基因敲除，酵母雙雜交，定點突變，基因過表達，噬菌體展示等。 另外如果已知該GENE(如果它編碼蛋白質(zhì)的話)的表達出的蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)已經(jīng)獲得,比如用X-RAY衍射或NMR等測定,再利用TOP3D查詢本地PDB庫,以及查詢DALI數(shù)據(jù)庫,去找出較為相似的結(jié)構(gòu)或同源蛋白質(zhì)可推測未知蛋白質(zhì)的功能。如果找不到相似的結(jié)構(gòu)或同源蛋白質(zhì)，而且所研究的GENE編碼的蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)，那么你就應(yīng)從其局部結(jié)構(gòu)入手，看其有關(guān)的domain,motif有哪些？然后去查閱有關(guān)的domain,motif的可能功能，再去比較一下有這些domain,motif的蛋白質(zhì)的功能有哪些？還可比較與你的新蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)相似的以知蛋白質(zhì)（兩者一級結(jié)構(gòu)可有較大不同）的功能有哪些？可用免疫檢測。完全避開從GENE EXPRESSION角度去確定一個未知PROTEIN的功能，這在目前不大可能，別的不說，即使從蛋白質(zhì)的一級序列用生物信息學(xué)和理論生物物理學(xué)方法推出二級結(jié)構(gòu)都不是很準(zhǔn)（無論具體用何種算法），從蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測其功能，即使有同源蛋白質(zhì)也很不容易，而且只不過是猜測，沒有實驗證據(jù)證明都不可信！完全從生物信息學(xué)的手段獲得功能信息，可能根本無實際價值。當(dāng)然做些猜測，可用上面的思路。最終要考第一段的實研方法。 基因的異位表達或者過表達也是有效的研究基因的功能的試驗方法，比如2006年iPS cell的長生就是使用了基因的異位表達或者過表達方法。 二、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白的主要類型及其發(fā)揮作用的方式包括： 1.代謝酶，影響細(xì)胞代謝；2.基因表達調(diào)控蛋白：激活或抑制基因表達：3.細(xì)胞骨架蛋白：改變細(xì)胞形狀和運動。 ------參見：翟中和、王喜忠、丁明孝 主編，細(xì)胞生物學(xué)，高教出版社，2011年，第四版，第162頁，圖9-7.原圖是說明細(xì)胞表面受體介導(dǎo)的細(xì)胞信號傳導(dǎo)系統(tǒng)的組成。 實際上還有如NO,CO氣體信號分子直接透過細(xì)胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號傳導(dǎo)途徑和甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子，透過細(xì)胞質(zhì)膜與核膜與細(xì)胞核內(nèi)受體結(jié)合而調(diào)控基因表達。 但是NO,CO氣體信號分子直接透過細(xì)胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號傳導(dǎo)途徑的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白也是代謝酶，甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子，透過細(xì)胞質(zhì)膜與核膜與細(xì)胞核內(nèi)受體結(jié)合而調(diào)控基因表達的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白也是基因表達調(diào)控蛋白，所以“信號轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白的主要類型及其發(fā)揮作用的方式包括：1.代謝酶，影響細(xì)胞代謝；2.基因表達調(diào)控蛋白：激活或抑制基因表達：3.細(xì)胞骨架蛋白：改變細(xì)胞形狀和運動”，仍然成立！ 信號通路遠不止三種，細(xì)胞信號傳導(dǎo)系統(tǒng)的細(xì)胞表面的介導(dǎo)受體的就包括：離子通道偶聯(lián)受體、G蛋白偶聯(lián)受體和酶聯(lián)受體三種，至于轉(zhuǎn)錄因子屬于細(xì)胞信號通路的末端蛋白質(zhì)之一的基因表達調(diào)控蛋白，但是.基因表達調(diào)控蛋白不只限于轉(zhuǎn)錄因子。 |
5樓2013-08-05 00:32:52
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4226667 這貼樓主參考一下吧，具體我們可以繼續(xù)討論。 |
6樓2013-08-05 00:36:37
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