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【獎勵】本帖被評價11次，作者zhidao_bu增加金幣 8.6 個

zhidao_bu

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[資源] 計算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件

大家好，

蛋白質存在很多結構域，結構域往往有很多口袋，很多同僚想測蛋白質口袋的大小和口袋的水分子的數目，這里提供一個網上的腳本，不知道為什么官方網站下載不了，我提供一份僅供大家研究, 并簡單介紹使用方法：

1.首先介紹一下原理，通俗的講，想測量一個孔道或者蛋白口袋的大小，首先要找到一個測量模型，比如hole program的原理就是采用一個固定半徑的小球，通過蒙特卡洛算法來遍歷孔道。同樣Pocket detector (Pck)也是這個原理，官方網站介紹了幾種模型：Van der Waals model (VdW)，Accessible Surface (SA)，Molecular Surface (MS)，The dual shape，a polyedral model，Alpha-shapes，Dual shape。Pck比較突出的是采用了dual shape模型，如圖：
SA

VDW

dual shape

詳情，參考：http://schwarz.benjamin.free.fr/Work/Pck/theory.htm

2。安裝步驟：
1）解壓pck-2.0.3.zip,有兩個目錄:
pck2.0 和stoop

2）找到VMD的安裝目錄，并且找到vmd.rc這個文件, 添加下面的代碼到vmd.rc的文件尾部：

CODE:

source [file join $env(VMDDIR) "vmd.rc"]

# D directory where you placed the pck package

set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"]

set env(PCK_HOME)  [file join $pkgdir pck2.0]

lappend auto_path $pkgdir

# integration in VMD menu 

if { [catch {package require pck 2.0} msg] } {

    puts "VMD PCK package could not be loaded:\n$msg"

}

vmd_install_extension pck pckgui_tk  "Analysis/Pocket analysis"

說明：set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"] 是說明你把解壓后的文件的文件目錄，記住是根目錄，也就是包含兩個文件夾的目錄，記住里面是用引號，而不是斜杠了

3)然后就 "Extensions"->"Analysis"->"Pocket package", 如圖：

不知道為啥一直連不上服務器，估計過一段時間就好了。

同時在介紹幾個軟件和網址:
http://sourceforge.net/projects/fpocket/files/?source=navbar
http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/
http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/

引用用過這個軟件的文獻：http://www.plosone.org/article/i ... ournal.pone.0068138
在不好算，提供一個Pck命令行的軟件. chmod +x 文件，就可以直接使用[ Last edited by zhidao_bu on 2013-7-31 at 16:04 ]

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1樓 2013-07-31 15:54:47

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jackyma

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好人一生平安！

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2樓2013-08-03 13:55:34

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yangming98

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好的

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5樓2014-01-23 22:12:19

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老曼7

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這個，可比proshape好用，不過話說，我下載了proshape，到現在還不會用

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7樓2014-08-11 20:56:25

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lxc00001

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引用回帖:

8樓: Originally posted by 水兒CoCo at 2015-07-03 11:38:13
頂一下，感謝分享！

想問一下，你這個插件能用了么，，？？我怎么總是運行不了呢

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9樓2016-01-19 13:36:45

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安然李

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樓主好人！安裝運行了總是報錯哇T.T請問這個是怎么計算水分子個數的哇？

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10樓2016-03-02 13:54:21

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peng660

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vmd第三方插件的安裝實例，helpful！

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13樓2019-01-27 10:45:33

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saabx3樓

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