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計(jì)算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件
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大家好， 蛋白質(zhì)存在很多結(jié)構(gòu)域，結(jié)構(gòu)域往往有很多口袋，很多同僚想測(cè)蛋白質(zhì)口袋的大小和口袋的水分子的數(shù)目，這里提供一個(gè)網(wǎng)上的腳本，不知道為什么官方網(wǎng)站下載不了，我提供一份僅供大家研究, 并簡(jiǎn)單介紹使用方法： 1.首先介紹一下原理，通俗的講，想測(cè)量一個(gè)孔道或者蛋白口袋的大小，首先要找到一個(gè)測(cè)量模型，比如hole program的原理就是采用一個(gè)固定半徑的小球，通過(guò)蒙特卡洛算法來(lái)遍歷孔道。同樣Pocket detector (Pck)也是這個(gè)原理，官方網(wǎng)站介紹了幾種模型：Van der Waals model (VdW)，Accessible Surface (SA)，Molecular Surface (MS)，The dual shape，a polyedral model，Alpha-shapes，Dual shape。Pck比較突出的是采用了dual shape模型，如圖： SA VDW dual shape 詳情，參考：http://schwarz.benjamin.free.fr/Work/Pck/theory.htm 2。安裝步驟： 1） 解壓pck-2.0.3.zip,有兩個(gè)目錄: pck2.0 和stoop 2）找到VMD的安裝目錄，并且找到vmd.rc這個(gè)文件, 添加下面的代碼到vmd.rc的文件尾部： 說(shuō)明：set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"] 是說(shuō)明你把解壓后的文件的文件目錄，記住是根目錄，也就是包含兩個(gè)文件夾的目錄，記住里面是用引號(hào)，而不是斜杠了 3)然后就 "Extensions"->"Analysis"->"Pocket package", 如圖： 不知道為啥一直連不上服務(wù)器，估計(jì)過(guò)一段時(shí)間就好了。 同時(shí)在介紹幾個(gè)軟件和網(wǎng)址: http://sourceforge.net/projects/fpocket/files/?source=navbar http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/ http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/ 引用用過(guò)這個(gè)軟件的文獻(xiàn)：http://www.plosone.org/article/i ... ournal.pone.0068138 在不好算，提供一個(gè)Pck命令行的軟件. chmod +x 文件，就可以直接使用[ Last edited by zhidao_bu on 2013-7-31 at 16:04 ] |
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