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[求助]
大家不要歧視新手啊�。。。�！問個(gè)分子模擬的小白問題
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新的不能再新的新手了�。。。� 看了幾天DOCK,AUTODOCK之類的東西 原理就是小分子在靶標(biāo)上以一種特定姿勢結(jié)合起來。首先小分子根據(jù)形狀，能量匹配原則在大分子表面尋找活性位點(diǎn)，然后再活性位點(diǎn)上，不同的構(gòu)象中會(huì)有一種比較好的姿勢是最優(yōu)姿勢。 我想問的是1：大分子的活性位點(diǎn)（binding site）是怎么知道的？？？？是不是就是小分子利用大分子表面的坑（口袋）去逐步尋找？？？那么這種尋找的算法有哪些？大概是什么原理？？ 2：找到活性結(jié)合位點(diǎn)后，然后就是構(gòu)象搜索，有些算法如遺傳算法，模擬退火算法就是用來搜索構(gòu)象的？？？？通常說的打分函數(shù)（score function）就是指的給不同構(gòu)象姿勢打分的是嗎？？？一開始是不是用比較粗糙的打分函數(shù)來過濾大量姿勢取向，然后用比較精確，計(jì)算量大的打分函數(shù)來評價(jià)剩下的姿勢？？？？那么這2種打分函數(shù)大概有哪些算法呢？？？？ 希望高手多多指教哈�。。�！ |
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2樓2013-08-07 09:01:12
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