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cenwanglai榮譽版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[求助]
cpmd輸入文件中原子坐標(biāo)如何準(zhǔn)備？
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CELL部分給出格子 ATOM給出給出原子坐標(biāo)。與輸出文件對照，似乎給出的是Bohr單位，而不是比例坐標(biāo)或者三維直角坐標(biāo)。 有人提出用MS和VESTA配合輸出vasp格式的POSCAR，然后復(fù)制進cpmd就可以。但是vesta軟件導(dǎo)出的POSCAR.vasp是比例坐標(biāo)或者三維直角坐標(biāo)。而不是原子單位坐標(biāo)。 做cpmd的朋友是怎么做的呢？ cpmd坐標(biāo).png |
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baoyuan6969
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cenwanglai: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 非常感謝~ 2013-08-22 18:25:02
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| 分數(shù)坐標(biāo)不好使，會提示原子太近報錯。用MS建好晶胞導(dǎo)成*.car文件，然后可以從car文件直接copy坐標(biāo)到cpmd的輸入文件。另外，我發(fā)現(xiàn)cpmd的輸出文件中每步優(yōu)化后給出的坐標(biāo)是原子單位，而優(yōu)化結(jié)束生成的xyz文件里的坐標(biāo)可以直接用的。 |
2樓2013-08-22 17:11:29
ChemiAndy
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- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
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在SYSYRM部分里加 ANGSTROM關(guān)鍵詞，則CELL和坐標(biāo)均為以A為單位。否則默認為原子單位。 ANGSTROM Section: &SYSTEM The atomic coordinates and the supercell parameters and several other parameters are read in Ångstroms. Default is atomic units which are always used internally. Not supported for QMMM calculations. |
3樓2013-08-23 10:56:24
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