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相約南藥木蟲 (正式寫手)
藥物上將
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[求助]
求：amber 計算氨基酸之間接觸數(shù)contacts 詳細命令
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本人想計算蛋白質(zhì)間各個氨基酸之間的 contacts，但是在ambertools里面找到的命令只有： contacts [ first | reference ] [ byresidue ] [ out filename ] [ time interval ] [ distance cutoff ] [ mask ] 對該命令不甚了了，想問哪位有自己實驗室內(nèi)部對這個命令，具體細化點的命令，比如計算energy的: $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/caohm/mmgbsa/mmgbsa.in -o /home/caohm/mmgbsa/tot.dat -sp /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p.prmtop -cp /home/caohm/mmgbsa/site2.prmtop -rp /home/caohm/mmgbsa/1h9z.prmtop -lp /home/caohm/mmgbsa/pcb.prmtop -y /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p-equil-5.mdcrd :多謝各位！ |
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nunup5
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2樓2013-09-02 20:01:27
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3樓2013-09-02 20:01:53
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