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相約南藥木蟲 (正式寫手)
藥物上將
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[求助]
求：amber 計(jì)算氨基酸之間接觸數(shù)contacts 詳細(xì)命令
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本人想計(jì)算蛋白質(zhì)間各個(gè)氨基酸之間的 contacts，但是在ambertools里面找到的命令只有： contacts [ first | reference ] [ byresidue ] [ out filename ] [ time interval ] [ distance cutoff ] [ mask ] 對(duì)該命令不甚了了，想問(wèn)哪位有自己實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部對(duì)這個(gè)命令，具體細(xì)化點(diǎn)的命令，比如計(jì)算energy的: $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/caohm/mmgbsa/mmgbsa.in -o /home/caohm/mmgbsa/tot.dat -sp /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p.prmtop -cp /home/caohm/mmgbsa/site2.prmtop -rp /home/caohm/mmgbsa/1h9z.prmtop -lp /home/caohm/mmgbsa/pcb.prmtop -y /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p-equil-5.mdcrd :多謝各位！ |
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2樓2013-09-02 20:01:27
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