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q1036210267木蟲 (正式寫手)
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[求助]
分子動力學(xué)模擬 求 水分子的紅外光譜
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如題，最近幾天，我通過查閱文獻(xiàn)得知，分子動力學(xué)求某一物質(zhì)的紅外光譜 一般有兩種方法，一是通過偶極矩的自相關(guān)函數(shù)求得，二是通過計算體系分子的速度自相關(guān)函數(shù)求得。于是我測試了一個簡單分子（水分子）。我選擇了含有500個水分子的一個模擬體系，先NPT系綜算平衡，后NVT系綜，這里我選擇 步長0.5 fs，算了20000步（相關(guān)文獻(xiàn)也是這么算的）。然后我用速度自相關(guān)函數(shù)求算其紅外光譜，我得到的 歸一化的自相關(guān)函數(shù)曲線（包括出峰位置和峰強(qiáng)度） 和文獻(xiàn)報道的 一致，但是，從自相關(guān)函數(shù)到 紅外光譜 還有一個傅里葉轉(zhuǎn)換，我轉(zhuǎn)換的時候總是得到錯誤的 紅外光譜曲線，求木蟲高人指點(diǎn)下這個傅里葉轉(zhuǎn)換。在此 先謝謝您了，金幣不夠的話，我可以再追加。 [ 來自小組 珊瑚島 ] |
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5樓2013-09-03 08:51:54
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