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[求助] 關(guān)于DNA連接的納米粒子自組裝的分子動力學(xué)模擬，求交流和分享已有1人參與

本人所選課題暫定“模擬基于DNA連接的納米粒子的自組裝”，由于各種困難，包括構(gòu)建合適的DNA粗粒化模型，這個研究方向在學(xué)術(shù)界一直都進(jìn)展緩慢，主要是以實驗為主，并且絕大數(shù)工作都依賴于美國西北大學(xué)著名的C. A. Mirkin教授的研究團(tuán)隊，一直到2011年，美國愛荷華州立大學(xué)的A. Travesset教授和C. Knorowski教授與路易斯安那州立大學(xué)的S. Burleigh合作才正式開啟了此研究方向的里程碑，他們的研究成果發(fā)表在PRL期刊上："Dynamics and Statics of DNA-Programmable Nanoparticle Self-Assembly and Crystallization", C. Knorowski, S. Burleigh and A. Travesset, Phys. Rev. Lett. 106, 215501 (2011)

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1樓 2013-09-06 17:34:35

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A. Travesset教授的研究團(tuán)隊主要對基于DNA直接連接的兩種不同類型的納米粒子自組裝進(jìn)行了模擬，并且只是單一的從較小的模擬體系(N=54)以及唯一的晶格(CsCl)出發(fā)，從均方位移、配分函數(shù)、靜態(tài)結(jié)構(gòu)因子等一系列進(jìn)行了分析，獲得了跟實驗近似的結(jié)果。2012年，在A. Travesset教授和C. A. Mirkin教授的幫助下，西北大學(xué)Monica Olvera de la Cruz教授的研究團(tuán)隊對Travesset團(tuán)隊的DNA粗�；Ｐ瓦M(jìn)行了升級，模型變得更為復(fù)雜，但是精準(zhǔn)度也相應(yīng)提升，模擬體系不僅擴(kuò)大到了256，同時晶格也擴(kuò)大到Bcc、CsCl、AlB2、Cr3Si和Cs6C60，更為重要的是他們提出了三個關(guān)鍵的控制參數(shù)，并且繪制了相對較為準(zhǔn)確的相圖，研究成果發(fā)表在Nano Lett期刊上：Li, T. I. N. G.; Sknepnek, R.; Macfarlane, R. J.; Mirkin, C. A.;
Olvera de la Cruz, M. Nano Lett. 2012 , 12 , 2509 −2514；隨后不久，就在同一年，Travesset教授所帶領(lǐng)的研究團(tuán)隊又對晶格的形成過程進(jìn)行了精準(zhǔn)分析，研究成果發(fā)表在Soft Matter期刊上：Knorowski, C.; Travesset, A. Soft Matter2012 , 8, 12053 −12059;2013年，Monica Olvera de la Cruz教授的研究團(tuán)隊將最新的研究成果發(fā)表在美國化學(xué)會志JACS期刊上：Ting I. N. Li, Rastko Sknepnek, Monica Olvera de la Cruz, JACS 135, 23 (2013)。

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夢のしずく

3樓2013-09-06 17:58:40

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因為我所看的兩個課題組的研究成果都是利用分子動力學(xué)模擬的，而我上學(xué)期所了解的也是分子動力學(xué)，所以我期望得到熱心人更多的幫助。

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夢のしずく

2樓2013-09-06 17:38:17

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通過仔細(xì)閱讀這兩個課題組的文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)還有一些地方他們沒有涉及，現(xiàn)在我要開始自己的工作了，但是最讓我頭疼的是現(xiàn)在分子動力學(xué)程序的編寫，因為網(wǎng)上找不到開源代碼，這個問題一直糾結(jié)了我一個暑假，很是痛苦，希望有志同道合的人相互交流，最好有資源共享。

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夢のしずく

4樓2013-09-06 18:01:28

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huterx

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我也關(guān)注這個方向樓主怎么樣了

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5樓2013-11-22 14:21:06

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5樓: Originally posted by huterx at 2013-11-22 14:21:06
我也關(guān)注這個方向樓主怎么樣了

這個要是自己編寫的話難度很大啊。。。

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6樓2013-11-22 20:20:07

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sciencejoy

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4樓: Originally posted by 03010328 at 2013-09-06 18:01:28
通過仔細(xì)閱讀這兩個課題組的文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)還有一些地方他們沒有涉及，現(xiàn)在我要開始自己的工作了，但是最讓我頭疼的是現(xiàn)在分子動力學(xué)程序的編寫，因為網(wǎng)上找不到開源代碼，這個問題一直糾結(jié)了我一個暑假，很是痛苦，希望 ...

分子動力學(xué)開源的代碼很多啊，lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……，你怎么會找不到？

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7樓2013-11-23 09:49:02

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sciencejoy

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★ ★ ★
03010328: 金幣+3, ★有幫助, 謝謝！ 2013-11-25 09:15:08

引用回帖:

7樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-23 09:49:02
分子動力學(xué)開源的代碼很多啊，lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……，你怎么會找不到？...

還有專門的DNA粗�；Ｐ统绦虬� OxDNA， https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page

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8樓2013-11-23 10:02:57

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6樓: Originally posted by huterx at 2013-11-22 20:20:07
這個要是自己編寫的話難度很大啊。。。...

正在寫程序，遇到一些非常棘手的問題。

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夢のしずく

9樓2013-11-23 16:53:11

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8樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-23 10:02:57
還有專門的DNA粗�；Ｐ统绦虬� OxDNA， https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page...

自己當(dāng)初選的，自己建模，自己寫代碼，現(xiàn)在棘手的問題太多了。

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夢のしずく

10樓2013-11-23 16:56:17

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