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轉(zhuǎn)基因猴子木蟲 (正式寫手)
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[求助]
如何在蛋白PDB文件中加上相應鈣離子？
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| 我要通過gromacs對我的酶進行模擬，通過swiss-model同源建模出來的PDB文件里面不包含與我所需要的酶結(jié)構(gòu)結(jié)合的一個鈣離子，這個鈣離子呢又對我的酶性質(zhì)有很大影響。所以說我需要將這個鈣離子做到PDB文檔蛋白的相應位置？請教各位，這個如何實現(xiàn)？通過chemoffice制作再autodock？還是在模擬過程中可以加入這個鈣離子？緊急求助呀！ |
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
轉(zhuǎn)基因猴子: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-13 08:37:19
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轉(zhuǎn)基因猴子: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-13 08:37:19
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你就需要“一個鈣離子”嗎？ 這個很簡單，你可以用VMD 建立一個原子，然后賦予鈣離子的性質(zhì)，在VMD 中把鈣離子移動到合適的位置，再保存成PDB 文件即可， 然后關(guān)鍵的是在你的 top 文件中正確的定義和引用即可。 在gromacs模擬中如果PDB 文件和top文件的內(nèi)容不一致的時候，以top文件為準的。 比如在 gromacs-4.5.4\share\top\charmm27.ff 文件夾內(nèi)的 ions.itp 就有鈣離子，正確引用即可 |
2樓2013-09-12 21:35:42
轉(zhuǎn)基因猴子
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 15 (小學生)
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- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學
3樓2013-09-13 14:40:06
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