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轉(zhuǎn)基因猴子木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
如何在蛋白PDB文件中加上相應(yīng)鈣離子？
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| 我要通過(guò)gromacs對(duì)我的酶進(jìn)行模擬，通過(guò)swiss-model同源建模出來(lái)的PDB文件里面不包含與我所需要的酶結(jié)構(gòu)結(jié)合的一個(gè)鈣離子，這個(gè)鈣離子呢又對(duì)我的酶性質(zhì)有很大影響。所以說(shuō)我需要將這個(gè)鈣離子做到PDB文檔蛋白的相應(yīng)位置？請(qǐng)教各位，這個(gè)如何實(shí)現(xiàn)？通過(guò)chemoffice制作再autodock？還是在模擬過(guò)程中可以加入這個(gè)鈣離子？緊急求助呀！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
轉(zhuǎn)基因猴子: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-13 08:37:19
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你就需要“一個(gè)鈣離子”嗎？ 這個(gè)很簡(jiǎn)單，你可以用VMD 建立一個(gè)原子，然后賦予鈣離子的性質(zhì)，在VMD 中把鈣離子移動(dòng)到合適的位置，再保存成PDB 文件即可， 然后關(guān)鍵的是在你的 top 文件中正確的定義和引用即可。 在gromacs模擬中如果PDB 文件和top文件的內(nèi)容不一致的時(shí)候，以top文件為準(zhǔn)的。 比如在 gromacs-4.5.4\share\top\charmm27.ff 文件夾內(nèi)的 ions.itp 就有鈣離子，正確引用即可 |
2樓2013-09-12 21:35:42
轉(zhuǎn)基因猴子
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 15 (小學(xué)生)
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
3樓2013-09-13 14:40:06
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