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RDFs和preferential binding有什么區(qū)別
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我用分子模擬方法計算水溶液中鹽離子和蛋白質(zhì)的相互作用，分析了不同離子相對蛋白質(zhì)特定位點的RDF，發(fā)現(xiàn)有的離子容易聚集在該位點，而有的離子疏遠(yuǎn)該位點。（從RDF的峰的分布得到）因此，我們說容易聚集在該位點的離子就是preferential binding or interaction。 審稿意見中，審稿人說“RDFs can not determine whether there is a preferential binding or not, however, it can indicate if there is accumulation (or an increase in density/probability) at the protein interface.” 所以我想知道，RDFs和preferential binding有什么區(qū)別？謝謝解答！剛做MD不久，基本概念不清楚，勿噴！ |
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2樓2013-09-21 20:07:47
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