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Autodock 參數(shù)設(shè)定問題
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初學(xué)Autodock，請(qǐng)教幾個(gè)問題： 1. 讀到一篇使用Autodock4.2的文獻(xiàn)中提到“Fifty docking runs with 10 trials in each run were performed for both dimer conformations, resulting in a total of 1000 docked structures”， 這是什么意思呢？是做了50次的docking嗎？每次中g(shù)a_run 10？ 2. 如果我想做1000 個(gè)構(gòu)象， 是應(yīng)該一次做ga_run 1000， 還是做10 次docking 每次ga_run 100， 哪一個(gè)結(jié)果更合理呢？ 3. 結(jié)果處理中聚類rmsd大小的選擇， autodock默認(rèn)的是 2埃， recluster 對(duì)這個(gè)rmsd值的選擇有什么原則嗎？ 是要和受體分子的大小成一定比例嗎？ 非常感謝！ |
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4樓2013-09-25 19:39:46
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【答案】應(yīng)助回帖
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1. 不知道這個(gè)dimer是設(shè)么樣的dimer，如果是比較大蛋白質(zhì)，不可能用autodock完成這個(gè)任務(wù)，因?yàn)閍utodock是進(jìn)行大分子和小分子對(duì)接，小分子包括chemical和peptide，而它們的可轉(zhuǎn)動(dòng)鍵不能超過32，否則報(bào)錯(cuò)，終止運(yùn)行。如果用autodock的vina程序，可以增加可轉(zhuǎn)動(dòng)鍵，但是也是有限的。如果你進(jìn)行蛋白-蛋白對(duì)接，應(yīng)選用替他dock程序，如Z-dock，可用其服務(wù)器。 2. 如果是大分子與小分子對(duì)接，一般你不需要獲取這么多構(gòu)象，選擇題top10足夠。一般來(lái)說(shuō)是一次run獲取足夠的構(gòu)象，但是autodock真的很慢，所以也許用多次run獲取足夠多構(gòu)象。另外作者也許是評(píng)價(jià)重復(fù)性，所以用了多次run。 3. 一般來(lái)說(shuō)，就dock而言，RMSD小于2一個(gè)可接受誤差，所以小于2，可能被確定為誤差，大于2可認(rèn)為不同。RMSD越小，說(shuō)明構(gòu)象結(jié)構(gòu)越趨近于相同。 4.請(qǐng)安裝MGL tools，根據(jù)tools說(shuō)明，很容易完成dock任務(wù)。 |
2樓2013-09-25 17:56:04
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3樓2013-09-25 19:26:15
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