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關(guān)于NPT控壓器的疑問(wèn) 已有2人參與
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新手疑問(wèn)，求各位前輩指點(diǎn)迷津： 用NPT模擬，控溫控壓如下： # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane BerendsenPressure on BerendsenPressureTarget 1.0 ;# 1.0kpa BerendsenPressureCompressibility 4.57E-5 ;# in bar-1 BerendsenPressureRelaxationTime 100 ;# in fs BerendsenPressureFreq 4 ;# steps 結(jié)果最小化結(jié)束后，平衡過(guò)程一開(kāi)始就出現(xiàn)下述錯(cuò)誤， ERROR: Step 1004 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1008 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1012 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1016 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1020 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1024 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1028 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1032 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1036 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1040 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1044 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1048 cell rescaling factor limited. 網(wǎng)上搜了一下，說(shuō)可能是BerendsenPressure 控壓器的原因，換成Langevin控壓器后就可以正常模擬了。在這里想請(qǐng)教各位前輩，是我BerendsenPressure相關(guān)參數(shù)設(shè)置的有問(wèn)題嗎？？還是說(shuō)控壓器和控溫器不兼容的事？有沒(méi)有不兼容這種情況？ |
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2樓2013-09-27 10:21:38
3樓2013-09-27 20:38:52
4樓2013-09-29 20:51:43
5樓2013-10-02 08:40:01
6樓2013-10-03 08:38:00
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周_周: 金幣+4, ★★★很有幫助, 謝謝哈 2013-12-24 10:16:34
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8樓2013-12-20 11:12:55
9樓2013-12-24 10:17:18
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