 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2181 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
關(guān)于NPT控壓器的疑問(wèn) 已有2人參與
|
||
|
新手疑問(wèn)，求各位前輩指點(diǎn)迷津： 用NPT模擬，控溫控壓如下： # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane BerendsenPressure on BerendsenPressureTarget 1.0 ;# 1.0kpa BerendsenPressureCompressibility 4.57E-5 ;# in bar-1 BerendsenPressureRelaxationTime 100 ;# in fs BerendsenPressureFreq 4 ;# steps 結(jié)果最小化結(jié)束后，平衡過(guò)程一開始就出現(xiàn)下述錯(cuò)誤， ERROR: Step 1004 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1008 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1012 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1016 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1020 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1024 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1028 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1032 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1036 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1040 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1044 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1048 cell rescaling factor limited. 網(wǎng)上搜了一下，說(shuō)可能是BerendsenPressure 控壓器的原因，換成Langevin控壓器后就可以正常模擬了。在這里想請(qǐng)教各位前輩，是我BerendsenPressure相關(guān)參數(shù)設(shè)置的有問(wèn)題嗎？？還是說(shuō)控壓器和控溫器不兼容的事？有沒(méi)有不兼容這種情況？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
311（085601）求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績(jī)338
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
343求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- gromacs 模擬NPT系宗出問(wèn)題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- NPT系綜的平衡問(wèn)題
已經(jīng)有10人回復(fù)
9樓2013-12-24 10:17:18
2樓2013-09-27 10:21:38
3樓2013-09-27 20:38:52
4樓2013-09-29 20:51:43
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 22408 359分調(diào)劑 +3 | Qshers 2026-03-27 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600 286分 材料求調(diào)劑 +7 | 麻辣魷魚 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 好好讀書。 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程求調(diào)劑 +9 | 多久上課 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑 +9 | vv迷 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿南京師范大學(xué)303求調(diào)劑 +3 | zzffylgg 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個(gè)楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +5 | 1() 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
材料調(diào)劑
 5+4
|
想要一壺桃花水 2026-03-25 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 263求調(diào)劑 +6 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑一志愿上海交通大學(xué)336分-本科上海211 +4 | 小魚愛(ài)有機(jī) 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調(diào)劑 +6 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩總分317求調(diào)劑！！��！ +4 | Acaciad 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290分調(diào)劑求助 +3 | 吉祥止止陳 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑 +4 | 17501029541 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | ALULU4408 2026-03-23 | 3/150 |
|