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請(qǐng)問(wèn)“In silico aided metabolic engineering”是什么技術(shù) 已有2人參與
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| 請(qǐng)問(wèn)“In silico aided metabolic engineering”是什么技術(shù)，能不能講下大概的實(shí)驗(yàn)流程？ |
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2樓2013-09-30 20:42:46
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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| 就是基于計(jì)算機(jī)輔助的代謝工程，所需要的是代謝工程改造宿主的全基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)模型（genome scale metabolic model, GSMM），通常大家代謝工程所用的宿主是大腸桿菌和釀酒酵母，這兩種生物的GSMMs已經(jīng)構(gòu)建的十分完整，可以直接在別人發(fā)表的模型基礎(chǔ)上做略微的修改然后使用。如果你改造的生物沒(méi)有發(fā)表的GSMM，那么需要你自己在基因組序列基礎(chǔ)上構(gòu)建其GSMM。得到GSMM后利用很多種軟件，常用的算法有optknock，optflux，optstain等等很多，可以設(shè)計(jì)代謝工程操作的靶點(diǎn)，預(yù)測(cè)代謝工程改造后宿主的一些變化。這種技術(shù)首先由韓國(guó)的Lee SY提出，現(xiàn)在在大腸桿菌的代謝工程中有較多的成功事例，也發(fā)在較高水平的雜志。同時(shí)這種技術(shù)也可用于合成生物學(xué)中，在人工設(shè)計(jì)完細(xì)胞途徑后，可以先用所設(shè)計(jì)細(xì)胞的GSMM模擬其代謝性能，以便提高改造的方向性和效率！ |
3樓2013-10-01 08:44:46
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