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請問“In silico aided metabolic engineering”是什么技術 已有2人參與
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| 請問“In silico aided metabolic engineering”是什么技術，能不能講下大概的實驗流程？ |
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2樓2013-09-30 20:42:46
gubai
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★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
| 就是基于計算機輔助的代謝工程，所需要的是代謝工程改造宿主的全基因組規(guī)模代謝網絡模型（genome scale metabolic model, GSMM），通常大家代謝工程所用的宿主是大腸桿菌和釀酒酵母，這兩種生物的GSMMs已經構建的十分完整，可以直接在別人發(fā)表的模型基礎上做略微的修改然后使用。如果你改造的生物沒有發(fā)表的GSMM，那么需要你自己在基因組序列基礎上構建其GSMM。得到GSMM后利用很多種軟件，常用的算法有optknock，optflux，optstain等等很多，可以設計代謝工程操作的靶點，預測代謝工程改造后宿主的一些變化。這種技術首先由韓國的Lee SY提出，現(xiàn)在在大腸桿菌的代謝工程中有較多的成功事例，也發(fā)在較高水平的雜志。同時這種技術也可用于合成生物學中，在人工設計完細胞途徑后，可以先用所設計細胞的GSMM模擬其代謝性能，以便提高改造的方向性和效率！ |
3樓2013-10-01 08:44:46
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