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亍寞金蟲 (小有名氣)
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[求助]
關于heme的力場參數(shù)
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最近要做cytochrome c相關的東西，但是其中heme的amber FF下的參數(shù)沒有辦法確定，不知道該怎么辦誒 查文獻的話，經常被用的是F. Autenrieth, E. Tajkhorshid, J. Baudry, and Z. Luthey-Schulten, J. Comput. Chem. 25, 1613 (2004).但是他們的suppl info是charmm的，想只從里面取出RESP電荷自己做amber下的FF�？墒沁@篇文章resp電荷的地方說,為了簡單H的電荷省略了。。。這篇文章的1616頁，表格下面左邊第二行，說，所有的非極性氫按照0.09e來計算，但是這個是mulliken電荷部分的說明，咱剛從量化轉來沒多久不太明白。但是看了下原始引用的文獻11，在這篇文章的3602頁表格11下面，覺得這個好像并不是說RESP電荷  然后大致看了一下引用這篇文章的所有MD類的文章，計算方法部分也都是一筆帶過說用的是這個里面的，也沒有具體的參數(shù)另外。。。http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/ 這個網(wǎng)站里面heme的prep，感覺應該是cytochrome P450那種里面的，乙烯基和蛋白相連的S鍵部分和cytochrome c的結合方式不一樣，查了好多cytochrome系的FF文章，看見的也大多數(shù)是這種類型的結合。。。跟cytochrome c一樣的，只有上述2004年的文章。 正在計算heme的優(yōu)化，B3lyp/6-31g，準備大致構型出來之后，再繼續(xù)用6-31g*跑，可是優(yōu)化和scf的閾值都提高了，xqc也用了，可是Fe周圍的平面配位被破壞了，覺得可能是heme的周圍化學環(huán)境沒設置好，想著再不行就直接給作者寫郵件好了。。。 不好意思嘮叨了這么長。。。這幾天被這個折騰的神煩。。。求大神幫助！ |
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