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therotyonth金蟲 (正式寫手)
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Gaussian 09 處理后的文件始終無法在AMBER中的antechamber命令中完成
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輸入文件flu.com --Link1-- %chk=molecule #HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt iop(6/50=1) remark line goes here 0 1 …………………… PBS文件 #!/bin/bash # #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l walltime=1444:00:00 #PBS -V cd $PBS_O_WORKDIR export g09root=/share/apps/software source $g09root/g09/bsd/g09.profile export GAUSS_SCRDIR=/state/partition1 date g09 /home/flu.com date 處理后的文件flu.log用以下命令 antechamber -i flu.log -fi gout -o flu.prepi -fo prepi -c resp -s 2 提示： Running: /usr/local/amber12/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac Running: /usr/local/amber12/bin/atomtype -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff Running: /usr/local/amber12/bin/espgen -o ANTECHAMBER.ESP -i flu.log espgen cannot deal with Gaussian 09 log file, please generate Gaussian 09 ESP file using iop(6/50=1) and rerun espgen Error: cannot run "/usr/local/amber12/bin/espgen -o ANTECHAMBER.ESP -i flu.log" in resp() of charge.c properly, exit 這個是怎么回事呀？ 剛剛接觸計算，望各位大俠能幫幫茫茫哈！ |
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lishijunzong
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9樓2013-10-07 11:27:00
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