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BLAST的使用方法
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| 請(qǐng)問(wèn)利用BLAST如何進(jìn)行序列比對(duì)？跪求各位高手指點(diǎn)一下具體的方法~不勝感激！急急急 |
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3樓2013-10-11 18:39:48
xl_dut
木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 微生物遺傳育種學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+6, 鼓勵(lì)交流 2013-10-11 16:50:53
luna躍兒彎彎: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝~ 2013-10-11 18:34:54
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進(jìn)入以下網(wǎng)址：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 普通的blast在basic blast區(qū)域進(jìn)行選擇就行，如核苷酸-核苷酸序列比對(duì)直接選擇nucleotide blast，其他的選項(xiàng)還有氨基酸-氨基酸序列比對(duì)（protein blast）、翻譯核苷酸序列-蛋白序列比對(duì)（blastx）等，你可以根據(jù)自己的需要進(jìn)行選擇。 單擊后進(jìn)入新的界面，在enter query sequence的對(duì)話框中輸入你要比對(duì)的序列或序列的NCBI登陸號(hào)或genebank的登錄號(hào)，如果是下載下來(lái)的.fasta格式的文件也可以在upload file處點(diǎn)擊瀏覽，然后在電腦中找到相應(yīng)的文件存儲(chǔ)位置，選擇“打開(kāi)”就行。 下面有一些比對(duì)的參數(shù)設(shè)置，除有特殊要求外可以不做改動(dòng)。但對(duì)于數(shù)據(jù)庫(kù)的選擇可能會(huì)影響比對(duì)結(jié)果的數(shù)目。此外“Algorithm parameters ”下拉菜單也可以打開(kāi)并可以進(jìn)行一些比對(duì)參數(shù)的設(shè)置，也可以視 需要進(jìn)行更改。 所有參數(shù)設(shè)置好后，點(diǎn)擊“BLAST”按鈕即可，稍等一會(huì)，網(wǎng)頁(yè)上就會(huì)出現(xiàn)比對(duì)結(jié)果。樓主可以根據(jù)需要進(jìn)行選擇。如果樓主想對(duì)若干個(gè)已知的序列進(jìn)行比對(duì)，也可以將序列下載下來(lái)，用單機(jī)版的比對(duì)軟件進(jìn)行比對(duì)。 |
2樓2013-10-11 15:52:59
4樓2013-10-11 18:45:13
xl_dut
木蟲 (正式寫手)
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 NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)或序列都是已知的，包括部分單基因全序列、編碼序列（cds）以及一些基因組或染色體的全序列。因此你說(shuō)的B基因或C基因在A基因的下游，這種情況在特定的染色體上或基因組中是確定的，當(dāng)然不同物種的基因序列和排列次序可能略有差異。單純通過(guò)單個(gè)基因的序列比對(duì)是不能確定先后順序的。如果你要通過(guò)比對(duì)來(lái)確定A基因后的序列到底是B還是C的話，你必須獲得基因A及其下游的序列，然后再進(jìn)行比對(duì)。blast會(huì)給出部分序列的比對(duì)結(jié)果，然后你就可以確定次序了�；蛘吣阋部梢栽O(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR驗(yàn)證！ |
5樓2013-10-11 20:58:02
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